GROMACS 2018.4 リリースノート¶
このバージョンは2018年11月12日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|のバージョン2018.3以降の変更点、および既知の問題を修正するための内容を dokumentiert. また、2016.5以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
PME力を、擾乱されていない電荷/LJを用いて自由エネルギーで正しく計算する¶
Lambda が 0 に設定されていない場合、または Lennard-Jones の場合、実際の摂動された電荷や原子タイプがない場合、自由エネルギー計算において、Coulomb または LJ PME メッシュの力が lambda にスケールされます。ただし、このバグは、電荷または原子タイプが実際に摂動されている通常のセットアップには影響しませんでした。
外部ハミルトニアンとの貢献制約を追加¶
歪んだ制約の寄与が、外国のハミルトニアンの値から欠落していました。これは、BARのような自由エネルギー計算において重要です。
外部ハミルトニアンの差に対する大量貢献を追加¶
自由エネルギー計算において、摂動された質量を使用する場合、外のハミルトニアンの値から運動エネルギーの寄与が欠落していました。
アンサンブル実行の拡張によるバグへの対処¶
拡張されたアンサンブル実行の場合、velocity Verlet積分を使用し、nstcalcenergy>1の場合、またはnstexpandedがnstcalcenergyの倍数でない場合に、エネルギーは古くなったりゼロになったりする。このような場合、mdrunはnstcalcenergyを1に設定する。
チェックポイントの継続には、適切な .tpr ファイルが必要です。¶
mdrun の再起動に使用するチェックポイントファイルのステップ数は、現在、.tpr ファイル内のステップ数よりも小さくなっている必要があります。以前は、チェックポイント内のステップ数は任意の数値であったため、mdrun -nsteps を使用して特定の結果を得ることが可能でしたが、そのオプションの使用はすでに廃止されています。意図を表現する .tpr ファイルを作成するには、gmx grompp または gmx convert-tpr を使用してください。
gmx ツールに関する修正¶
修正：mindist 出力ファイルのチェック¶
mindistは、出力ファイルに、時間経過とともに残基名と残基接触情報を印刷する必要があるかどうかを確認しないため、空のファイル名文字列を使用した場合にエラーが発生することがありました。
gmx ヘリックスのセグメンテーションエラーを修正¶
.tprファイルが正しく読み取られるようになり、ヘリックス解析はプロリン残基を含む選択も正しく処理できるようになりました。
修正：gmx anaeig におけるエントロピー計算のバグ¶
gmx が不一致した原子数と固有値（原子数の3倍未満の固有値）を受信した場合、エントロピー計算は初期化されていない値を使用します。
移植性を向上させるための修正¶
その他の項目¶
ログファイルが、初期の動的なロードバランシングの状態を誤って報告することがあった問題を修正しました。
修正：アンバー力場ファイル内の臭素パラメータ¶
臭素と鉄のフォースフィールドのエントリには、シグマとエプシロンを定義するための実際の値が欠けていました。臭素については、parm99.datから適切な値を付与しました。鉄には対応するパラメータがないため、エントリは削除されました。
複数の分子に対して、通常のモード解析が機能するようにしました。¶
修正しました。正常モードの解析が、システム内の各分子の最初のコピーのみを考慮していた問題を修正しました。また、正常モードにおける vsites（仮想サイト）やシェルに関する問題を修正しました。
同じファイル名で出力ファイルと同じ名前で再実行することを禁止する¶
「-rerun」で同じファイル名を指定した場合、同じファイルが読み書きに使用されるため、意味不明なエラーが発生していました。現在、mdrun は、この問題を解決するための役立つエラーメッセージを表示します。
GromacsをTNGなしでビルドする際に発生する問題を修正¶
いくつかのコンパイラエラーが修正され、|Gromacs|をTNGサポートなしでビルドする際に発生する可能性のある問題を解決しました。