gmx nmens

概要

gmx nmens [-v [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.xvg>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
          [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]] [-xvg <enum>]
          [-temp <real>] [-seed <int>] [-num <int>] [-first <int>]
          [-last <int>]

説明

gmx nmens は、あるサブスペースにおける平均構造を中心とした、正常モード（固有ベクトル）の集合で定義された空間におけるアンサンブルを生成します。 固有ベクトルは質量で重み付けされていると仮定されます。 各固有ベクトルの位置は、分散が kT/固有値であるガウス分布からランダムに選択されます。

デフォルトでは、開始ベクトルの値は7に設定されています。これは、最初の6つの通常のモードが、運動と回転の自由度に対応するためです。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)

完全精度軌跡: trr cpt tng h5md

-e [<.xvg>] (eigenval.xvg)

ファイル名: xvgr/xmgr

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)

構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション)

インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xtc/.trr/...>] (ensemble.xtc)

軌跡: xtc trr gro g96 pdb tng h5md

Other options:

-xvg <enum> (xmgrace)

形式: xmgrace, xmgr, なし

-temp <実数> (300)

温度（ケルビン）

-seed <整数> (0)

ランダムシード (0 は生成することを意味します)

-num <int> (100)

生成する構造体の数

-first <int> (7)

最初に使用する固有ベクトル (-1 は選択)

-last <int> (-1)

最後の使用する固有ベクトル (-1 は最後のもの)