新機能と改善点¶

GROMACS ビルドがより再現可能になりました¶

ビルドシステムは、どのユーザーがバイナリをビルドし、どこでビルドしたかに関する情報を含まなくなりました。以前は、この情報を組み込んで、問題のトラブルシューティングや、チェックポイントの継続が可能な限り正確に行われるようにしていました。しかし、現在では、この機能は不要であると考えられます。これにより、ビルドはデフォルトで「再現可能」になるようになり、|Gromacs|を含む、再現可能なソフトウェアの配布を提供するプロジェクトにとって役立ちます。

gmx クラスタを更新して、クラスタフレームを使用して正しい PDB ファイルとインデックスファイルを書き込むようにする¶

gmx クラスタからの PDB <pdb> ファイルには、ボックスに関する CRYST ヘッダーが含まれていないため、|Gromacs| ツールとの使用がより困難になりました。また、:ref:`gmx trjconv を使用してクラスタごとの軌跡をフレームに分割するために必要な :ref:`index <ndx> ファイルが作成されていませんでした。これにより、この :ref:`index <ndx> ファイルの作成と、適切な :ref:`PDB <pdb> ファイルの作成をサポートします。

以前のステップのCOMをPBCの参照として使用できるようにする¶

追加されたオプション (pull-pbc-ref-from-prev-step-com) は、プル時に、前のステップのグループのCOM（共通オブジェクトモデル）を使用し、シミュレーション中に大きく移動する可能性のある参照原子ではなく、PBCジャンプを計算するようにします。このオプションを使用すると、PBC参照原子は初期化時にのみ使用されます。これは、大規模なプルグループや、原子間の相対的な移動が大きくなる可能性のあるグループを使用する場合に役立ちます。

一時的な外部APIヘッダーとライブラリ¶

|Gromacs|へのライブラリへのアクセスは、新しいインフラストラクチャに移行しています。 gmxapi 0.0.7 は、実行環境とシミュレーション作業のための抽象化、および |Gromacs| のソースコードを修正することなく、MD シミュレーションコードを拡張するための開発ツールを提供します。クライアントコードは、GROMACS のインストールに対してコンパイルできます。 MD プラグインコードは、実行時に利用可能な登録済みプラグインのリソースを通じて、外部で計算された力を適用するか、シミュレーションを停止する信号を送信できます。プロジェクトに関する詳細情報と使用例については、追跡中の :issue:`2585`を参照し、DOI `10.1093/bioinformatics/bty484 <https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty484>`_を参照してください。 GROMACS を構築および拡張する例については、`Python パッケージ <https://github.com/kassonlab/gmxapi>`_とサンプル `restraint プラグイン <https://github.com/kassonlab/sample_restraint>`_リポジトリを参照してください。

gmxapi MD拡張コード用の制約モジュール¶

以前、GROMACS のソースコード内の「pull」コードを修正することで利用されていた機能を、GROMACS の未変更のインストールに対してクライアントソフトウェアを構築できます。別々にコンパイルされた MD 拡張機能は、新しい「Restraint」機能と連携するために、新しい gmxapi ツールを使用して構築されたシミュレーションクライアントコードを使用して、実行時に登録できます。（上記を参照。）

平均プル力と位置の出力の有効化¶

通常、pullモジュールは位置と力の瞬間的な出力を生成しますが、現在は、最後に出力された時点からの期間におけるこれらの値の平均を出力できるようになりました。これにより、チェックポイントによる再起動後でも正しく動作します。この機能は、新しいオプション pull-fout-average と pull-xout-average を使用して有効にします。