gmx confrms

概要

gmx confrms [-f1 [<.tpr/.gro/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]]
            [-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
            [-no [<.ndx>]] [-[no]w] [-[no]one] [-[no]mw] [-[no]pbc]
            [-[no]fit] [-[no]name] [-[no]label] [-[no]bfac]

説明

gmx confrms は、最初に構造をフィットさせた後、2つの構造の二乗平均平方根偏差 (RMSD) を計算します。2つの構造は、同じ数の原子である必要はありませんが、フィットに使用する2つの原子グループは同じである必要があります。オプション -name を使用すると、選択されたグループからのみ原子名がフィットと RMSD の計算に使用されます。これは、タンパク質の変異を比較する場合に役立ちます。

重ねて書かれた構造はファイルに書き込まれます。:ref: .pdb ファイルには、2つの構造が個別のモデルとして書き込まれます（rasmol -nmrpdb を使用）。また、:ref: .pdb ファイルには、原子のMSD値から計算されたB因子を "-bfac" オプションを使用して書き込むことができます。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f1 [<.tpr/.gro/...>] (conf1.gro)

構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-f2 [<.gro/.g96/...>] (conf2.gro)

構造ファイル: gro g96 pdb brk ent esp tpr

-n1 [<.ndx>] (fit1.ndx) (オプション)

インデックスファイル

-n2 [<.ndx>] (fit2.ndx) (オプション)

インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.gro/.g96/...>] (fit.pdb)

構造ファイル: gro g96 pdb brk ent esp

-no [<.ndx>] (match.ndx) (オプション)

インデックスファイル

Other options:

-[no]w (無)

出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-[no]one (無)

ファイルにのみ適合した構造を書き込む

-[no]mw (有効)

重み付きフィッティングとRMSD

-[no]pbc (無)

Try to make molecules whole again

-[no]fit (はい)

ターゲット構造を基準構造に最小二乗法で重ね合わせる

-[no]名前 (no)

Only compare matching atom names

-[no]label (no)

最初の構造にA、2番目の構造にBというチェーンラベルを追加

-[no]bfac (無)

原子のMSD値からの出力B因子