gmxでの注文¶

概要¶

gmx order [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-nr [<.ndx>]]
          [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-od [<.xvg>]] [-ob [<.pdb>]]
          [-os [<.xvg>]] [-Sg [<.xvg>]] [-Sk [<.xvg>]]
          [-Sgsl [<.xvg>]] [-Sksl [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
          [-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>] [-d <enum>] [-sl <int>]
          [-[no]szonly] [-[no]permolecule] [-[no]radial]
          [-[no]calcdist]

説明¶

gmx order は、炭素鎖の原子ごとにオーダーパラメータを計算します。原子 i に対して、軸と原子 i-1、i+1 のベクトルが使用されます。インデックスファイルには、計算に使用するグループのみを含める必要があります。各グループは、関連するアシル鎖に沿って存在する等価な炭素原子をそれぞれ別のグループに含める必要があります。プログラムを混乱させないために、インデックスファイルには「System」や「Protein」のような汎用的なグループは含める必要はありません（ただし、これは四面体のオーダーパラメータには関係ありません。四面体オーダーパラメータは水に対してのみ有効です）。

gmx order コマンドは、オダーテンソルのすべての対角要素、およびデフォルトでデウテリアムオダーパラメータ Scd を計算することもできます。 -szonly オプションを指定すると、指定されたオダーテンソルコンポーネント（-d オプションで指定）のみが出力され、スライスごとのオダーパラメータも計算されます。 -szonly オプションを指定しない場合、すべての対角要素とデウテリアムオダーパラメータが出力されます。

四面体構造のパラメータは、原子の周りに決定できます。角度と距離の両方のパラメータが計算されます。詳細は、P.-L. Chau and A.J. Hardwick, Mol. Phys., 93, (1998), 511-518. を参照してください。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-n [<.ndx>] (index.ndx): インデックスファイル
-nr [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル
-s [<.tpr>] (topol.tpr): ポータブル XDR 実行入力ファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (order.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-od [<.xvg>] (deuter.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-ob [<.pdb>] (eiwit.pdb) (オプション): タンパク質データベースファイル
-os [<.xvg>] (sliced.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-Sg [<.xvg>] (sg-ang.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル
-Sk [<.xvg>] (sk-dist.xvg) (任意): xvgr/xmgr ファイル
-Sgsl [<.xvg>] (sg-ang-slice.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル
-Sksl [<.xvg>] (sk-dist-slice.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e <時間> (0): 最後に読み込むフレームの時間（デフォルト単位：ps）
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt が最初の時間（デフォルト単位：ps）と一致する場合のみ使用してください。
-[no]w (no): 出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-xvg <enum> (xmgrace): xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-d <列挙> (z): 膜上の法線の方向：z、x、y
-sl <int> (1): 箱の長さを指定された数で分割し、その分割数に応じてオーダーパラメータを計算します。
-[no]szonly (無効): 注文テンソルの「Sz」成分のみを指定します。（軸は -d で指定できます）
-[no]permolecule (無): 分子ごとにScdの秩序パラメータを計算する
-[no]radial (無): 膜の半径方向の法線を計算する
-[no]calcdist (無): 基準からの距離を計算する

既知の問題¶

このツールは、飽和炭素と統一された原子力場のみに対応しています。それ以外の場合は、別の分析方法を使用することを強く推奨します!
オプション -unsat は、飽和炭素の分析を行うと主張していましたが、それ以降は機能せず、そのため削除されました。