gmx h2order¶

概要¶

gmx h2order [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-nm [<.ndx>]]
            [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
            [-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>] [-d <enum>]
            [-sl <int>]

説明¶

gmx h2order は、水分子の箱の法線に対する向きを計算します。プログラムは、水の双極モーメントと箱の軸との間の角度の平均コサインを決定します。箱はスライスに分割され、各スライスごとの平均の向きが出力されます。各水分子は、酸素の位置に基づいて、フレームごとにスライスに割り当てられます。-nm オプションを使用すると、質量中心から酸素までの軸と水の双極モーメントとの間の角度ではなく、双極モーメントと箱の軸との間の角度が計算されます。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-n [<.ndx>] (index.ndx): インデックスファイル
-nm [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル
-s [<.tpr>] (topol.tpr): ポータブル XDR 実行入力ファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (order.xvg): xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e (0): 最後に読み込むフレームの時間（デフォルト単位：ps）
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt が最初の時間（デフォルト単位：ps）と一致する場合のみ使用してください。
-[no]w (no): 出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-xvg <enum> (xmgrace): 形式: xmgrace, xmgr, なし
-d <enum> (Z): 膜上で、X、Y、またはZの方向に通常の操作を実行します。
-sl <int> (0): 箱の長さを指定された数で分割し、その結果得られる要素数を用いて、注文パラメータを計算します。

既知の問題¶

プログラムは、インデックスファイルグループ内の最初の3つの原子に基づいて、水分子全体をスライスに割り当てます。順序はO,H,Hと想定されます。名前は重要ではありませんが、順序は重要です。この要件を満たさない場合、分子をスライスに割り当てる方法は異なります。