GROMACS 2022.2 リリースノート¶
このバージョンは2022年6月16日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2022.1バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2021.5バージョンおよびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
高負荷の並行実行において、不適切な制約を修正¶
ドメイン分割を使用する場合、OpenMPと関連する制約（水素原子を含むだけでなく、他の結合も制約されている場合）があるドメインに対して、制約がなくても制約があった場合に、制約修正を適用できます。これは、長い実行時間では、原子同士が衝突し、システムが不安定になる可能性が高いため、通常は問題になりません。しかし、短い実行時間ではクラッシュする可能性は低く、誤った結果を生成する可能性があります。エネルギー保存則の量に発生するドリフトは、ログファイルの最後に報告され、正しい実行では1～2桁程度小さい値になります。
CPUとGPU間の同期が途切れる問題を修正¶
GPUとホスト間の直接通信によるハロー交換が有効になっている場合、CPU上で、ホストに非局所座標が利用可能になるのを待たずに、フリーエネルギー計算を実行していました。これにより、CPU側で古いデータが使用されるという問題が発生します。この問題は、GMX_ENABLE_DIRECT_GPU_COMM環境変数が設定され、シミュレーションにフリーエネルギー計算が含まれている場合に、GPUとの直接通信が有効になっている状態で、誤った結果を引き起こす可能性があります。
GPU上でPMEを使用する場合、別々のPMEランクでPMEメッシュのdV/dlambdaの欠落を修正する。¶
PMEをGPU上で別のPMEインスタンスで実行し、自由エネルギー計算を行う場合、PMEメッシュ部分のdV/dlambdaの寄与が欠如していました。また、異種λエネルギーの差分からも同様の寄与が欠如していました。ただし、エネルギーと力は正しく計算されていました。
mdrun -rerun コマンドを使用した際に、誤った（不正確な）出力ファイルサイズに関する注釈/警告を削除しました。¶
リインitalization後に、PME座標パディングのクリアが完了するのを待つ¶
PME コординаートバッファの不規則な再初期化の一環として、GPU 上のバッファのパディング領域を 0 に設定する必要があります。以前は、GMX_ENABLE_DIRECT_GPU_COMM を使用して GPU 間の直接通信を有効にすると、PME カーネルがこの初期化が完了する前に実行される可能性があり、これが修正されました。この誤った順序は、極端なベンチマークケースでのみ発生し、明らかなクラッシュを引き起こす可能性があります。
Verlet バッファの推定に関する既知の問題を把握しておく¶
以下のような既知の問題があります
gmx ツールに関する修正¶
ターミナルデータベースで定義されていない原子タイプの存在を示す pdb2gmx のエラーメッセージを明確化しました。¶
エネルギー最小化における「grompp」の除外距離に関する問題の重大度が軽減¶
エネルギー最小化により、カットオフを超えた/近いペア間の距離に関するエラー/警告が、エネルギー最小化によって修正される可能性があるため、警告/メモに変更されました。
周期的なペプチドの torsions のための cmap の欠落した補正を修正しました。¶
pdb2gmx を周期的なペプチドと CHARMM27 力場を使用する場合、周期境界全体で CMAP 補正が欠落していました（ただし、トルション自体は正しく計算されていました）。正しいトポロジーを得るには、pdb2gmx の 2022.2 以降のバージョンから PDB ファイルを再処理するか、手動でトポロジーに CMAP 補正を追加してください。
無効な入力による gmx バーでのクラッシュを回避する¶
gmx bar は無効な入力データファイルから読み取ろうと試み、代わりに役に立つエラーメッセージではなく、ハードクラッシュが発生する可能性があります。
分析ツールからの誤ったデータの印刷を修正¶
選択の処理方法の変更により、トレジャーアナリシスフレームワークの分析ツールが、誤った選択に対してデータを出力するようになりました。
convert-tpr で使用されている、機能停止したチャージゼロ化関数を削除する¶
この機能は長期間にわたって動作しなく、実用的な価値はありませんでした。
移植性に影響を与える修正¶
GCC 7 を使用して CUDA ビルドを実行する場合に警告を表示¶
異なるバージョンの gcc 7 は、GROMACS が CUDA の nvcc コンパイラがコンパイラフラグを受け入れるかどうかを確認することを困難にする方法で、異なる動作をします。 GROMACS 2022 および 2022.1 では、フラグを誤って無効と検出し、それらを使用しないようにし、結果として遅い CUDA カーネルを生成することがありました。 現在、GROMACS は、この場合にすべての nvcc フラグが無効であると想定し、この状況が発生した場合にビルドシステムが警告を表示します。 その後、ビルドに失敗した場合は、より新しいバージョンの gcc を使用してください。
外部のtinyXMLのバージョンを7未満に修正¶
新しいバージョンは GROMACS と互換性がない。
OpenMP リンクに関する、ソフトウェアのビルドエラーの可能性を修正¶
一部の状況では、ソフトウェアのビルド時に omp シンボルとのリンクにエラーが発生する可能性があります。 CMake のわずかな設定変更により、muparser コンポーネントがライブラリの残りの部分で使用されている同じ OpenMP 依存関係を見つけることができます。
雑多¶
外部TinyXML-2の検出を修正¶
コードを更新して、外部のTinyXML-2が存在し、そのバージョンを正しく検出するようにしました（`-DGMX_EXTERNAL_TINYXML2=ON`を使用する場合のみ該当）。
モジュール固有の OpenMP スレッド数環境変数を使用する際に発生する警告を修正¶
メッセージ文字列を構築するために使用されていた配列の1つが正しく更新されていなかったため、情報メッセージが誤っていたり、ゴミのような文字列が出力されたりすることがありました。