gmx angle¶

概要¶

gmx angle [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-od [<.xvg>]]
          [-ov [<.xvg>]] [-of [<.xvg>]] [-ot [<.xvg>]] [-oh [<.xvg>]]
          [-oc [<.xvg>]] [-or [<.trr>]] [-b <time>] [-e <time>]
          [-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>] [-type <enum>]
          [-[no]all] [-binwidth <real>] [-[no]periodic]
          [-[no]chandler] [-[no]avercorr] [-acflen <int>]
          [-[no]normalize] [-P <enum>] [-fitfn <enum>]
          [-beginfit <real>] [-endfit <real>]

説明¶

gmx angle は、複数の角度またはジヘドラに対する角度分布を計算します。

オプション -ov を使用すると、角度のグループの平均角度を時間に対する関数としてプロットできます。 -all オプションを使用すると、最初のグラフが平均値であり、残りのグラフが個々の角度になります。

``-of``オプションを使用すると、``gmx angle``は、時間に対するトランスジヘドラルの割合（ジヘドラルのみ）を計算しますが、これはおそらく一部のユーザーのみにとって興味深い機能です。

オプション -oc を使用すると、ジヘドラル相関関数が計算されます。

注意点として、インデックスファイルには、角度の場合はアトムトリプレット、ジヘドラルの場合はアトムクアドラットが必要です。そうでない場合、プログラムはクラッシュします。

オプション -or を使用すると、選択されたジヘドラルの角度のコサインとサインを含むトレジャーファイルが生成されます。このファイルは、その後、gmx covar を使用して主成分分析を行うための入力として使用できます。

オプション -ot は、3 の重みを持つ二面体のラセミ体の間の遷移が起こるタイミングをプロットし、オプション -oh は、そのような遷移の間の時間に関するヒストグラムを記録します。このオプションは、入力軌跡のフレームが時間的に均等に間隔を置いてあることを前提としています。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-n [<.ndx>] (angle.ndx): インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-od [<.xvg>] (angdist.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-ov [<.xvg>] (angaver.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル
-of [<.xvg>] (dihfrac.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル
-ot [<.xvg>] (dihtrans.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル
-oh [<.xvg>] (trhisto.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル
-oc [<.xvg>] (dihcorr.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル
-または [<.trr>] (traj.trr) (オプション): 軌跡をポータブルなXDR形式で保存

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e <時間> (0): 読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-[no]w (no): 出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-xvg (xmgrace): xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-type <enum> (angle): 分析する角度の種類: 角度、二配向角、不適切な角度、Ryckaert-Bellemans 角度
-[no]all (no): 平均ファイルで、インデックスファイルに表示された順序で、すべての角度を個別にプロットします。
-binwidth <実数> (1): 分布を計算するための幅（度）
-[no]periodic (はい): 角度を360度で割った余りを表示する
-[no]chandler (無): Chandler 相関係関数 (N[trans] = 1, N[gauche] = 0) を、コサイン相関係関数を使用する代わりに使用してください。 Trans は、phi が -60 または 60 よりも小さい、または大きいと定義されます。
-[no]avercorr (無): 個々の角度/立体構造の相関関数を平均化する
-acflen <int> (-1): ACFの長さは、デフォルトでフレーム数の中央値
-[no]normalize (はい): ACF の正規化
-P <列挙 (0)>: ACF (自相関係) のレジェンドル多項式の順序 (0 は該当なし): 0, 1, 2, 3
-fitfn (なし): 関数: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-beginfit <実数値> (0): 相関関数の指数関数的なフィッティングを開始する時間
-endfit <実数値> (-1): 時間：相関関数の指数関数的なフィッティングを終了する時点。-1は、終了まで

既知の問題¶

「遷移のカウントは、3の倍数の多性を持つ二面結合のみで機能します」