主なポイン

GROMACS 2025.0 は 2025 年 2 月 11 日にリリースされました。それ以降にパッチリリースが行われた可能性があります。最新バージョンをご利用ください。以下に、期待できる主な機能と、詳細については以下のリンクをご参照ください！

もちろん、今回も、GPUを使用する場合としない場合の両方で、いくつかの便利なパフォーマンス改善が、すべてデフォルトで有効化され、自動化されています。さらに、シミュレーションを実行するためのいくつかの新機能が利用可能です。新版が、お客様のシミュレーションとハードウェアでどのように動作するかについて、ぜひフィードバックをお寄せください。新機能は以下のとおりです。

  • PLUMED の機能が制限されたバージョンは、GROMACS の非 Windows 版で、パッチを適用する必要なく使用できます。

  • 基本的なサポート：`PyTorch <https://pytorch.org/>`_でトレーニングされたニューラルネットワーク潜在（NNP）モデルを使用したシミュレーションの実行。

  • ペア検索とドメイン分割の拡張OpenMP並列化により、特に高速なGPUとの組み合わせでパフォーマンスが向上します。

  • AMD HIP を GPU バックエンドとして使用するためのサポートが追加されました。これは現在、NBNxM (カットオフまでの非結合相互作用) 向けカーネルに限定されています。

  • シミュレーション間で拡張されたアンサンブルの平衡状態を継続できるように、init-lambda-counts および init-wl-histogram-counts の初期化を MDP オプションを通じて有効化することでサポートします。

  • GPUへの直接通信は、MPIライブラリがこれをサポートする場合にデフォルトで利用されます。

  • GPUカーネルによる通信を実装したNVSHMEMを使用したPPハロー交換の強化により、複数のNVIDIA GPUへのスケーリング時のパフォーマンスが向上します。