主要機

GROMACS 2023は2023年2月6日にリリースされました。それ以降にパッチリリースが行われた可能性がありますので、最新版をご利用ください。以下に、期待できる主な機能と、詳細については以下のリンクをご参照ください！

もちろん、今回も、GPUを使用する場合としない場合の両方で、いくつかの便利なパフォーマンス改善が、デフォルトで有効化され、自動化されています。さらに、シミュレーションを実行するためのいくつかの新機能が利用可能です。新しいリリースが、お客様のシミュレーションとハードウェアでどのように機能するかについて、ぜひフィードバックをお寄せください。新機能は以下のとおりです。

  • SYCL GPU 実装、これはすべての主要なGPUプラットフォームをサポートするGPU移植レイヤーであり、両方のプラットフォームと機能に対する大幅な拡張が加えられました。実用的な移植性を確保するため、|Gromacs|のGPU移植レイヤーは、複数のSYCL実装（hipSYCL、oneAPI DPC++、IntelLLVM）と、複数のGPUバックエンド上で定期的にテストされています。

    • SYCL は、より多くの GPU オフロード機能をサポートします：結合された力と、GPU に意識した MPI を使用した GPU 間の直接通信。

    • SYCLハードウェアサポートには、AMD（RDNAサポートを含む）とIntel（本リリースでの追加）のプロ向け、およびNVIDIA GPU（プロ向けではない）が含まれます。

    • SYCLによる最適化、主要なHPCプラットフォームを対象。

  • PME分解の最適化と拡張により、FFT計算を含むPME計算全体を複数のGPUにオフロードできるようになりました。cuFFTmpまたはheFFTeと組み合わせることで、非常に優れたスケールアップ性能（実験的機能）を実現できます。

  • CUDA Graphのサポートが追加され、スレッドとMPIを完全にGPU上で使用して、GPU上で単一/複数GPUを使用したシミュレーションを実行できるようになり、パフォーマンスが向上します（実験的な機能）。

  • Apple M1/M2 GPU は、OpenCL GPU バックエンドを通じてサポートされるようになりました。

  • 新しいアンサンブル温度MDPオプションにより、温度カップリングなし、または異なる基準温度を使用するシミュレーションで、アンサンブルの温度を設定できます。

  • ：ref:`gmx dssp`を使用すると、|Gromacs|はDSSPアルゴリズムのネイティブな実装を備えるようになり、これにより``gmx do_dssp``が不要になります。