GROMACS 2023.5 のリリースノート¶
このバージョンは2024年5月3日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2023.4バージョン以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正するために作成されています。また、2022.6バージョンおよびそれ以前に実施されたすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
Verlet バッファの推定値は、初期座標がそのままでは正しくない可能性がある。¶
密度推定におけるverletバッファ計算の不適切な周期境界処理により、多くの原子が長方形の単位セルから外れた場合に、verletバッファがずれる可能性があります。ほとんどの場合、これはわずかに大きなバッファになるだけで、非常に短いバッファになることはほとんどありません。
エネルギー最小化により、分散修正エネルギーが2回カウントされていました。¶
これにより、報告されたエネルギーのみが影響を受けます。なぜなら、分散補正は原子にかかる力を影響しないからです。
正しい力を仮想サイト1で設定¶
仮想サイトが単一の構築原子のみを使用している場合、その力が構築原子に分散されませんでした。これは、仮想サイトの目的を完全に否定するため、おそらく黙ってエラーを引き起こすことはありませんでした。
トリカイン形状のボックスにおけるパリンネロ-ラフマン結合で、丸め誤差を回避する¶
トリキリックな格子と異方性または対角 Parrinello-Rahman の圧力結合を使用する場合、オフ対角のスケーリング行列の要素はゼロ以外の値を持つ可能性があります。これは、GPU 上で更新を実行する際に、アサーションエラーを引き起こすだけで、問題ありませんでした。
複数の時間ステップとSD積分を組み合わせた場合のチェックを追加¶
ドキュメントには、この組み合わせがサポートされていないと記載されていますが、gromppでのこのチェックが失われています。そのため、gromppとmdrunの両方がエラーで終了します。
修正 dH/dlambda を MTS と摂動された制約条件で計算¶
複数の時間ステップと歪んだ制約長を使用する自由エネルギー計算を行う場合、d(dH)/d(lambda)における遅い力の寄与が、誤ってMTS因子で乗算されていました。 この影響は、通常、PMEグリッド部分のみを頻繁に積分する場合には非常に小さいですが、非結合対相互作用が各ステップで積分されない場合には、大きくなる可能性があります。
gmx ツールに関する修正¶
修正：アトムがボックスの外に離れていても発生するgromppのクラッシュ¶
Verlet バッファの許容範囲のコードは、原子を正しくボックス内に配置しなかったため、grompp で不正なメモリアクセスが発生する可能性がある。
非相互作用ベンチマークツールにおけるLJ結合ルールの誤りを修正¶
gmx nonbonded-benchmarkツールは、ローレンツ-ベルテローとローレンツ-ベルテローのルールを使用する代わりに、幾何学的なLHの組み合わせルールを使用します。
修正 make_ndx の動作、特に splitres の場合¶
GROMACS 2023以降、gmx make_ndx コマンドを使用した場合、splitres コマンドでは、各残基の最初の原子のみが出力されていました。 現在、以前の動作が復元され、すべての残基の原子が出力されます。
「gmx make_ndx」を使用時に、splitres/splitatを使用した場合に発生する、無効なメモリへのアクセスを修正¶
これにより、アプリケーションがクラッシュしたり、出力データが破損したりする可能性があります（たとえば、出力グループの名前が空のプレフィックスを持っていた）。
一部のコマンドで、古いツール名への参照を修正しました。¶
一部のコマンドには、古いツール名（例：g_energy、g_bar）への参照が含まれていました。
移植性に影響を与える修正¶
RISC-V では、RDCYCLE の代わりに RDTIME を使用する¶
Linux 6.6 以降、セキュリティ上の理由から、rdcycle 命令はユーザーランドから呼び出すことができなくなりました。これにより、GROMACS は SIGILL エラーでクラッシュします。代わりに rdtime が使用されるようになりました。
その他の機能¶
一部の特殊な実行構成でのGPU直接通信に関連するクラッシュを修正¶
GPU間の直接通信を、非標準的な実行条件（たとえば、各GPUで多数のスレッドとMPIタスクを実行する場合）と組み合わせた場合、タスクが極めて同期が取れなくなった場合にクラッシュが発生することがありました。この問題を解決し、より堅牢なものにしました。