GROMACS 2019.1 リリースノート¶
このバージョンは2019年2月15日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の初期バージョン2019以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2018.5およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
2D/3D 動的負荷分散に関するエラーを修正¶
2次元または3次元のドメイン分割において、動的な負荷分散を使用した場合、セルサイズが制限されていると、mdrunは「ドメイン分割のグリッドが過度にシフトしています。」というエラーで終了します。
GPUでの不適切なLJ反発力の切り替えを修正¶
CUDAまたはOpenCL GPUを使用する場合、力スイッチング関数のLJ反発力の2次項の係数「A」（マニュアルで示されている）の符号が間違っていました。これにより、力の計算と圧力の計算に非常に小さな誤差が生じました。ただし、分散力のスイッチングは正しく機能していました。このバグが物理的な結果に与える影響はほとんどないようです。注意点として、力スイッチングは通常、CHARMM力場と組み合わせて使用されます。
修正：ドメイン分割を使用した mdrun でのセグメンテーション違反¶
エネルギー最小化におけるグループ化スキームでのセグメンテーション違反を修正¶
エネルギー最小化、グループカットオフスキーム、およびドメイン分割を組み合わせることで、セグメンテーションフォルトが発生する可能性があります。
自由エネルギーΔHの出力に質量λを正しく反映する¶
別々のラムダパラメータが歪んだ質量フリーエネルギーの寄与に使用された場合、これらの寄与は、BAR計算に使用されるΔHの出力で二重にカウントされていました。ただし、dH/dlambdaの値は常に正しいものでした。
mdrun -rerun が誤った自由エネルギー出力を書き込むのを防ぐ¶
現在、mdrun -rerun は、質量や制約が変更された場合に、致命的なエラーで終了します。バージョン 2019 では、これらの変更がハミルトニアンの差と微分に与える影響が誤ってゼロと設定されていました。
強制回転コードでのゼロ除算を修正¶
gmx ツールに関する修正¶
修正: trjconv -ndec¶
これは.xtcファイルの作成のみをサポートします。コードとドキュメントは、2016年のリリースシリーズで変更されたため、現在は.groファイルとも正しく動作し、固定幅の列のみを書き込むことができます。
.tpr ファイルが提供されていない場合に、インデックスファイルグループを使用する修正¶
グループが指定されたインデックスファイルから使用される選択は、.tprファイルが提供されていなくても、再度使用できます。
修正 tune_pme¶
このツールは、現在修正されたファイル読み込みエラーにより正常に動作しませんでした。
移植性に影響を与える修正¶
MSVCでは、OpenCLサポート用の内部clFFTのフォールバック機能を無効化しました。¶
GROMACS は MSVC 2017 を必要とし、GROMACS の OpenCL ビルドには clFFT が必要です。ユーザーのシステムに clFFT が存在する場合、問題ない可能性がありますが、GROMACS に同梱されている clFFT のバージョンは、現在 clFFT が MSVC 2010 のみに対応しているため、ビルドできません。この場合、構成時に致命的なエラーが発生します。
OpenCL の実行には、64 ビットプラットフォームを明示的に必要とする¶
GROMACS では、64 ビットの OpenCL ランタイムが必要です。 64 ビットプラットフォーム上のすべての既知の OpenCL 実装は 64 ビットであり (64 ビットの OpenCL を持つ 32 ビットプラットフォームは既知ではありません)、したがって OpenCL ビルド時に 64 ビットプラットフォームが必要です。 既知のサポートされていない 32 ビットプラットフォームは ARMv7 です。