GROMACS 2016.3 リリースノート¶
このバージョンは2017年3月14日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|のバージョン2016.2以降に変更が加えられた内容を記録し、既知の問題を修正するために行われた変更を文書化しています。また、バージョン5.1.4およびその後のすべての修正も含まれています。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
mdrun で、個別の PME ランクが終了時に停止する問題を修正¶
最近の修正により、別の問題の解決策が、PME ランクとの通信を通じて、実行終了時のパフォーマンス統計を調整する際に mdrun が停止する問題を引き起こしました。
修正：以前のvirialsの処理方法をmd-vv統合器で修正¶
これらの量は、必要な場合にのみ、トロッター圧共役積分器のチェックポイントファイルに書き込まれます。しかし、以前はすべてのトロッター積分器に対して、do_md`でコピーされていました。これにより、`md-vv、ノース・フーバー、および圧共役が切り捨てられた場合に、正しいEDRフレームが書き込まれず、ゼロのバイラルと誤った圧力を持つフレームが書き込まれていました。同様に、切り捨てられた場合に、終了前のフレームと異なる重複したフレームが書き込まれます。
修正：拡張されたアンサンブルに対して、nstlog != 0 という誤ったチェックを修正¶
元のバージョンが誤って逆転され、nstlogが0でない場合に失敗する原因となりました。
gmx ツールに関する修正¶
修正：gmx tune_pme で GPU サポートの検出¶
修正：gmx tune_pme コールのスケーリングを、スレッドとMPIを使用したmdrunで一貫して処理するように修正¶
「gmx traj -av -af」における軽微な問題を修正¶
xvg の Y 軸の説明をより役立つものにしました。また、オプション -af でも動作します。
gmx mindist の xvg ファイルへの不要な書き込みを修正¶
gmx mindist -xvg での「none」オプションは、現在では使用されなくなりました。また、出力時にコメントが先頭に表示されるようになりました。
gmx solvate -shell が 0 SOL を出力する場合に発生するバグを修正しました。¶
genboxからsolvateへの移行時に、いくつかの誤ったロジックが導入されました。
「gmx do_dssp -sc」の出力修正¶
このコードは常に確率を記述しており、パーセンテージではなく、ラベルを修正しました。これにより、期待される8文字のフィールド内に収まるようになりました。
改善されたドキュメント¶
ユーザー向けのドキュメントとメッセージにいくつかの軽微な改善を実施しました。¶
未実装の gmx trjconv -clustercenter のドキュメントを削除しました。
ユーザーマニュアルに、vdwradii.dat の使用と制限に関するドキュメントを作成するためのシステム準備セクションを追加しました。また、溶媒と挿入分子に関するドキュメントも改善しました。
AMD GCN のサポートについて、Mesa/LLVM でサポートされていることを文書化しました。¶
AMD製のGPU（Mesa 17.0以降およびLLVM 4.0以降を使用）は、OpenCLを使用して|Gromacs|を実行できます。
手動でClang静的解析ツールを使用する方法をドキュメントに記載¶
移植性の向上¶
GROMACS の FFTW ビルドで AVX-512 を有効にするのは、コンパイラがそれをサポートしている場合にのみ行う¶
AVX512を有効にするには、GCC 4.9 以降または Clang 3.9 以降が必要です。当社では、これらのバージョンよりも古いコンパイラもサポートしているため、「GMX_BUILD_OWN_FFTW=on」でAVX512を無条件に有効にすることはできません。
x13.1.5 のバグによる誤検出を回避し、SIMD テストで発生する誤検出を修正しました。¶
atan2(0,0) は 0.0 を返す必要があります。これは GROMACS の SIMD 実装でも同様です。ただし、少なくとも 1 つのコンパイラでは、標準ライブラリ版で -nan が生成されるため、std:atan2(0,0) を呼び出すのではなく、既知の正しい値と比較する方が適切です。
「GMX_SIMD=None」を使用したコンパイル時の問題を修正¶
ICCは、math.hでinvsqrtを定義しています。