gmx anaeig¶
概要¶
gmx anaeig [-v [<.trr/.cpt/...>]] [-v2 [<.trr/.cpt/...>]]
[-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
[-n [<.ndx>]] [-eig [<.xvg>]] [-eig2 [<.xvg>]]
[-comp [<.xvg>]] [-rmsf [<.xvg>]] [-proj [<.xvg>]]
[-2d [<.xvg>]] [-3d [<.gro/.g96/...>]]
[-filt [<.xtc/.trr/...>]] [-extr [<.xtc/.trr/...>]]
[-over [<.xvg>]] [-inpr [<.xpm>]] [-b <time>] [-e <time>]
[-dt <time>] [-tu <enum>] [-[no]w] [-xvg <enum>]
[-first <int>] [-last <int>] [-skip <int>] [-max <real>]
[-nframes <int>] [-[no]split] [-[no]entropy]
[-temp <real>] [-nevskip <int>]
説明¶
gmx anaeig は固有ベクトルを解析します。 固有ベクトルは、共分散行列（gmx covar)または、Normal Modes解析（gmx nmeig)の結果である可能性があります。
トレースがイグベクターに投影される場合、すべての構造は、イグベクターファイルに存在する構造（存在する場合）に、または構造ファイルに存在する構造に適合されます。 実行入力ファイルが提供されない場合、周期性は考慮されません。 ほとんどの分析は、イグベクター「-first」から「-last」までを使用しますが、「-first」を-1に設定すると、選択を求められます。
-comp: 自身の原子ごとのイグベクターの成分をプロットします。
-rmsf: 各原子の固有値のRMS変動をプロットします（`-eig`が必要）。
-proj: 軌跡を主成分に投影します。軌跡の共分散行列の主成分に投影された軌跡は、主成分（PC）と呼ばれます。ランダム拡散の場合、PCのコサイン成分を確認することが有用です。なぜなら、ランダム拡散のPCは、PCインデックスの半分に等しい周期を持つコサイン成分であるためです。PCのコサイン成分は、:doc:`gmx analyze <gmx-analyze>`プログラムを使用して計算できます。
-2d: 軌跡を主成分（-first``と-last``）に投影した2次元プロットを計算します。
-3d: 最初の3つの選択された主成分に対して、軌跡の3次元プロジェクションを計算します。
-filt: 軌跡をフィルタリングして、主成分に沿った動きのみを表示します。
-extr: 平均構造上の軌跡に沿って、2つの極値プロジェクションを計算し、それらを補間して -nframes フレームを生成するか、または -max を使用して独自の極値を設定します。 -first が設定されていない場合、エベリベクトル -first が書き込まれます。 -first と -last が明示的に設定されている場合は、すべてのエベリベクトルが個別のファイルに書き込まれます。 2つまたは3つの構造を持つ .pdb ファイルを書き込む場合、チェーン識別子が追加されます（例：rasmol -nmrpdb を使用して .pdb ファイルを表示できます）。
共分散分析におけるオーバーラップ計算¶
注記: 分析には、同じフィット構造を使用する必要があります。
-over: ファイル -v2 の固有ベクトルの、ファイル -v の固有ベクトル（「-first」から「-last」まで）との固有ベクトルの部分空間の重なりを計算します。
-inpr: ファイル -v と -v2 の固有ベクト間の内積行列を計算します。 すべての固有ベクトルが使用されますが、-first と -last が明示的に設定されている場合を除く。
「-v」および「-v2」を指定した場合、共分散行列間のオーバーラップを示す単一の数値が生成されます。 ただし、固有値はデフォルトでは、固有ベクトル入力ファイル内のタイムスタンプフィールドから読み取られます。 ただし、「-eig」または「-eig2」を指定した場合、対応する固有値が使用されます。 その公式は次のとおりです。
difference = sqrt(tr((sqrt(M1) - sqrt(M2))^2))
normalized overlap = 1 - difference/sqrt(tr(M1) + tr(M2))
shape overlap = 1 - sqrt(tr((sqrt(M1/tr(M1)) - sqrt(M2/tr(M2)))^2))
ここで、M1とM2は2つの共分散行列であり、trは行列のトレースです。これらの数値は、変動の平方根の重なりに比例しています。正規化された重なりは最も有用な数値であり、同じ行列の場合には1、サンプリングされたサブスペースが直交している場合は0になります。
``-entropy``オプションを指定すると、クワジーハーモニックアプローチとシュリッターの公式に基づいて、エントロピーの推定値が計算されます。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-v[<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)-v2[<.trr/.cpt/...>] (eigenvec2.trr) (オプション)-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション)-s[<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション)-n[<.ndx>] (index.ndx) (オプション)インデックスファイル
-eig[<.xvg>] (eigenval.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-eig2[<.xvg>] (eigenval2.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
出力ファイルの指定オプション:
-comp[<.xvg>] (eigcomp.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-rmsf[<.xvg>] (eigrmsf.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-proj[<.xvg>] (proj.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-2d[<.xvg>] (2dproj.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-3d[<.gro/.g96/...>] (3dproj.pdb) (オプション)-filt[<.xtc/.trr/...>] (filtered.xtc) (オプション)-extr[<.xtc/.trr/...>] (extreme.pdb) (オプション)-over[<.xvg>] (overlap.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-inpr[<.xpm>] (inprod.xpm) (オプション)X ピクマップ互換のマトリックスファイル
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e<時間> (0)読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt が初めての時（デフォルト単位：ps）のみを使用してください。
-tu<enum> (ps)時間値の単位: fs、ps、ns、us、ms、s
-[no]w(no)-xvg(xmgrace)xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-first<int> (1)最初の固有ベクトルを分析に使用する (-1 は選択)
-last<int> (-1)最後の固有ベクトルを分析に使用する (-1 は最後のものまで)
-skip<整数> (1)Only analyse every nr-th frame
-max<実数値> (0)最大値は、ベクトルの平均構造に対するプロジェクションの値を表し、max=0 は極限値を示します。
-nframes<整数> (2)極値出力のフレーム数
-[no]split(無)ゼロの時間における固有ベクトルのプロジェクションを分割する
-[no]entropy(無)クワシハーモニックの公式またはシュリッターの方法に基づいてエントロピーを計算します。
-temp<実数> (298.15)エントロピー計算のための温度
-nevskip<整数> (6)クォーハーモニック近似によるエントロピーの計算時に、スキップする固有値の数を指定します。共分散分析の前に、回転および/または翻訳によるフィットを行った場合、非常に近い値の3つまたは6つの固有値が得られ、これらはエントロピーを計算する際には考慮すべきではありません。