GROMACS 2021.1 リリースノート¶
このバージョンは2021年3月8日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の以前の2021バージョン以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2020.6およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrun が誤った動作をする問題を修正¶
MiMiCの仮想サイトとの連携を修正¶
MiMiC（仮想サイトを使用）が正しく動作しないのは、サイトを構築するための呼び出しが、サイトを使用する呼び出しの後に実行されたことが原因である可能性があります。現在は動作するはずですが、実際にテストしていません。
修正：大規模なλ依存性の修正（dH/dλ）¶
「歪みによる質量に関する寄与は、dH/dlambdaには含まれていません。ただし、ベネットの受け入れ比法で使用されている異種エネルギーの違いには、この寄与が含まれていました。」
AWH を、共役ポテンシャルと FEP 次元で実行すると、誤った結果が得られます。¶
出力されるPMFが、awh-potential = convolvedとプル次元とFEP次元を組み合わせた場合に正しくない。FEP次元は常に傘状のポテンシャルを使用しており、この組み合わせは正しく機能しない。この機能はgromppで無効化されている。
md-vvで部分的に凍結された原子から速度を削除する¶
md-vv は、制約時に部分的に凍結された原子の凍結された次元に速度を加えることで、速度を向上させます。これにより、位置の凍結された次元が伝播中に固定されるため、誤った軌跡は発生しません。ただし、非ゼロの速度は軌跡と最終的な構成に報告されます。また、報告された運動エネルギーは、速度が制約された後に計算されるため、わずかに誤った運動エネルギーにつながる可能性もあります。これらの効果はすべて、速度がステップごとに定期的にゼロに戻されるため、比較的小さくなることが予想されます。
gmx ツールに関する修正¶
分析フレームワークのツールで、周期境界条件を修正¶
軌道解析フレームワークにバグがあり、PBCを超えて途切れた分子が正常に再構成されませんでした。これにより、通常、分析結果に明らかに誤った外れ値が発生していました。
``gmx covar``における範囲チェックのバグを修正¶
範囲チェックが誤って適用される原因は、チェックの方向が逆転したことです。
gmx xpm2ps のさまざまなバグを修正¶
リファクタリングにより、GROMACS 5.1 以降で多数の軽微な問題が発生しましたが、現在は修正されています。
移植性に影響を与える修正¶
Cygwinでのコンパイル問題を修正¶
A GROMACS ヘッダーファイルが、必要な標準ヘッダーを含めていませんでした。POSIXのみで定義されている M_PI 数値定数に関する問題も解決されました。
AWH設定を使用したFEP次元のサンプリング時のgromppのチェックを改善する¶
AWHによるFEP寸法サンプリング時に、AWHのサンプリング間隔がnstcalcenergyと互換性があることを確認してください。これにより、設定が正しくない場合に、最初のAWHサンプリングステップ（ステップ > 0）でクラッシュが発生するのを防ぐことができます。
その他の機能¶
更新 GROMACS ロゴ