gmx convert-tpr¶

概要¶

gmx convert-tpr [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
             [-o [<.tpr/.gro/...>]] [-extend <time>] [-until <time>]
             [-nsteps <int>] [-[no]generate_velocities]
             [-velocity_temp <real>] [-velocity_seed <int>]

説明¶

gmx convert-tpr は、3つの方法で run 入力ファイルを編集できます。

1. 実行入力ファイル内のステップ数を、オプション -extend、-until、または -nsteps を使用して変更することで。-nsteps に -1 を指定すると、ステップ数が無制限になります。

2. 独自の .tpx ファイルの一部を .tpx ファイルとして作成することで、これを行うことができます。これは、.tpx ファイルから溶媒を除去したり、例えば純粋な Cα ファイルを作成したりする場合に役立ちます。この操作を行うには、-nsteps -1 (または類似のオプション) を使用する必要がある場合があります。注意: この .tpx ファイルは完全に機能しない可能性があります。

3. 特定のグループのコストをゼロに設定することで。これは、LIE（線形相互作用エネルギー）メソッドを使用して自由エネルギー推定を行う場合に役立ちます。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr): 以下のファイルを実行して変更します： tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): ファイルには、追加のインデックスグループが含まれています

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.tpr/.gro/...>] (tprout.tpr) (オプション): 生成された変更された実行入力ファイル: tpr gro g96 pdb brk ent

Other options:

-extend <時間> (0): 実行時間をこの時間 (ps) だけ延長する
-until <時間> (0): この終了時間（ps）まで実行時間を延長する
-nsteps <整数> (0): 残りのステップ数を変更する
-[no]generate_velocities (無): 速度を再割り当てし、生成されたシードを使用するか、明示的に設定されたものを指定します。
-velocity_temp <実数> (300): 速度を生成する際に使用する温度
-velocity_seed <int> (-1): 速度の乱数シード。値が-1の場合、新しいものが生成されます。