gmx distance

概要

gmx distance [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
             [-oav [<.xvg>]] [-oall [<.xvg>]] [-oxyz [<.xvg>]]
             [-oh [<.xvg>]] [-oallstat [<.xvg>]] [-b <time>]
             [-e <time>] [-dt <time>] [-tu <enum>]
             [-fgroup <selection>] [-xvg <enum>] [-[no]rmpbc]
             [-[no]pbc] [-sf <file>] [-selrpos <enum>]
             [-seltype <enum>] [-select <selection>] [-len <real>]
             [-tol <real>] [-binw <real>]

説明

gmx distance は、時間に応じて、位置ペア間の距離を計算します。 各選択は、計算する独立した距離のセットを指定します。 各選択には、位置のペア（例：1-2、3-4 など）が含まれており、これらの位置間の距離が計算されます。

-oav は、選択ごとに時間に対する平均距離を書き出します。 -all は、すべての個別の距離を書き出します。 -oxyz も同様ですが、距離の x、y、z 成分を書き出します（ノルムではなく）。 -oh は、選択ごとに距離のヒストグラムを書き出します。 ヒストグラムの位置は、-len と -tol で設定します。 ビンの幅は、-binw で設定します。 -allstat は、フレームごとの個別の距離の平均と標準偏差を書き出します。

注意：gmx distance は、単一の選択範囲内の固定されたペア（1-2、3-4など）間の距離を計算します。 最小、最大、およびペアごとの距離を含む、2つの選択範囲間の距離を計算するには、gmx pairdist を使用してください。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション)

入力ファイル: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-s [<.tpr/.gro/...>] (topo.tpr) (オプション)

入力構造：tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (インデックスファイル) (オプション)

追加のインデックスグループ

出力ファイルの指定オプション:

-oav [<.xvg>] (distave.xvg) (オプション)

時間に対する平均距離

-oall [<.xvg>] (dist.xvg) (オプション)

時間に対するすべての距離

-oxyz [<.xvg>] (distxyz.xvg) (オプション)

時間に対する距離成分

-oh [<.xvg>] (disthist.xvg) (オプション)

距離のヒストグラム

-oallstat [<.xvg>] (diststat.xvg) (オプション)

個別の距離に関する統計

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレーム (ps) から読み込むトレース

-e <時間> (0)

読み込むトレースファイルの最後のフレーム (ps)

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt が最初に発生した時間と等しい場合にのみ使用してください (ps)

-tu <enum> (ps)

単位（時間）：fs、ps、ns、us、ms、s

-fgroup <選択>

軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）

-xvg (xmgrace)

プロットのフォーマット: xmgrace, xmgr, なし

-[no]rmpbc (はい)

各フレームで分子を完全に再構築する

-[no]pbc (はい)

周期境界条件を使用して距離を計算する

-sf <ファイル>

ファイルからの選択肢を提供

-selrpos (列挙値)

選択基準となる位置: 原子、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、dyn_mol_cog

-seltype <enum> (アトム)

デフォルトの選択出力位置: 原子、Res_com、Res_cog、Mol_com、Mol_cog、Whole_res_com、Whole_res_cog、Whole_mol_com、Whole_mol_cog、Part_res_com、Part_res_cog、Part_mol_com、Part_mol_cog、Dyn_res_com、Dyn_res_cog、Dyn_mol_com、Dyn_mol_cog

-select <選択>

距離を計算するためのペアの指定

-len <実数> (0.1)

ヒストグラム作成のための平均距離

-tol <実数値> (1)

フル分布の幅を -len の割合で指定

-binw <実数> (0.001)

ヒストグラム作成のためのビンの幅