pdb2gmx の入力ファイル

GROMACS プログラム：pdb2gmx は、入力座標ファイルからトポロジーを生成します。 その座標ファイルには、複数の形式がサポートされていますが、pdb が最も一般的に使用される形式（そのため名前が pdb2gmx となっている）です。 pdb2gmx は、GROMACS の share/top ディレクトリ内のサブディレクトリ、および現在の作業ディレクトリで、力場を検索します。 力場は、拡張子 .ff を持つディレクトリにあるファイル forcefield.itp から認識されます。 ファイル forcefield.doc が存在する場合、その最初の行は pdb2gmx によって、ユーザーに力場の選択を支援するための短い説明として使用されます。 そうでない場合、ユーザーは pdb2gmx のコマンドライン引数 -ff xxx を使用して、xxx.ff ディレクトリにある力場を指定できます。 pdb2gmx は、最初に現在の作業ディレクトリ、次に GROMACS の share/top ディレクトリを検索し、最初に一致する xxx.ff ディレクトリを使用します。

pdb2gmx は、以下の 2 つの汎用ファイルを参照します: - アトムタイプファイル (拡張子: atp、詳細は:ref:アトームの種類)、これはフォースフィールドディレクトリにある。 - residuetypes.dat ファイル。このファイルは、現在のディレクトリ、または GROMACS の share/top ディレクトリにある。residuetypes.dat は、どの残基名がタンパク質、DNA、RNA、水、およびイオンとして扱われるかを決定する。

pdb2gmx は、さまざまな種類の分子のトポロジー情報を含む、1つまたは複数のデータベースを読み取ることができます。 1つのデータベースに属するファイルのセットは、同じファイル名を持つ必要があります。 理想的には、ファイル名には分子の種類に関する情報を含めることが推奨されます (例：アミノ酸、RNA、DNA)。 以下のファイルが使用できます。

  • <basename>.rtp

  • <ファイル名>.r2b (オプション)

  • <basename>.arn (オプション)

  • <ファイル名>.hdb (オプション)

  • <ファイル名>.n.tdb (オプション)

  • <basename>.c.tdb (オプション)

必須は、構造要素のトポロジーを含む：ref:rtp`ファイルのみです。その他のファイルからの情報は、同じベース名を持つ：ref:`rtp`ファイルから取得された構造要素にのみ使用されます。ユーザーは、作業ディレクトリに同じベース名の追加ファイルを追加することで、フォースフィールドに構造要素を追加できます。デフォルトでは、追加の構造要素のみを定義できますが、：ref:`pdb2gmx <gmx pdb2gmx>`コマンドに-rtpo`オプションを指定すると、ローカルファイル内の構造要素が、フォースフィールドのデフォルトの構造要素を置き換えることができます。

アミノ酸配列データベース

これらのファイルは、残基データベースを保持しており、拡張子は rtp です。当初、このファイルにはタンパク質のビルディングブロック（アミノ酸）が含まれており、これは GROMACS が GROMOS の rt37c4.dat ファイルを解釈したものです。したがって、残基データベースファイルには、頻繁に使用されるビルディングブロックに関する情報（結合、電荷、電荷グループ、および不適切な二面角）が含まれています。このファイルは、標準入力として pdb2gmx で使用されるため、変更することは推奨されませんが、変更が必要な場合は、トップ ファイル（下記参照：ファイル形式）または、作業ディレクトリにある rtp ファイル（下記参照：sec. pdb2gmx の入力ファイル）で変更してください。新しい小分子のトポロジーを定義することは、直接 itp インクルードトポロジーファイルを作成することで、おそらく容易です。これは、ファイル名: Molecule.itp セクションで説明します。新しいタンパク質残基をデータベースに追加する際には、残基の種類ファイル（residuetypes.dat）に残基の名前を追加することを忘れないでください。これにより、gmx grompp、make_ndx、および分析ツールが残基をタンパク質残基として認識できるようになります（下記参照：defaultgroups）。

:ref:`rtp`ファイルは、pdb2gmx <gmx pdb2gmx>`のみで使用されます。 前述のように、このプログラムがrtp`データベースから必要とする唯一の情報は、結合、原子の電荷、電荷グループ、および不適切な二面角であり、それ以外は座標入力ファイルから読み取られます。 一部のタンパク質には、標準的なものではないが、座標ファイルにリストされている残基が含まれています。 この「奇妙な」残基に対して、適切な構造を構築する必要があります。そうしないと、:ref:`top`ファイルを作成できません。 これは、座標ファイルにあるリガンド、多原子イオン、結晶化共溶媒など、他の分子にも当てはまります。 残基データベースは、次の方法で構築されます。

[ bondedtypes ]  ; mandatory
; bonds  angles  dihedrals  impropers
     1       1          1          2  ; mandatory

[ GLY ]  ; mandatory

 [ atoms ]  ; mandatory
; name  type  charge  chargegroup
     N     N  -0.280     0
     H     H   0.280     0
    CA   CH2   0.000     1
     C     C   0.380     2
     O     O  -0.380     2

 [ bonds ]  ; optional
;atom1 atom2      b0      kb
     N     H
     N    CA
    CA     C
     C     O
    -C     N

 [ exclusions ]  ; optional
;atom1 atom2

 [ angles ]  ; optional
;atom1 atom2 atom3    th0    cth

 [ dihedrals ]  ; optional
;atom1 atom2 atom3 atom4   phi0     cp   mult

 [ impropers ]  ; optional
;atom1 atom2 atom3 atom4     q0     cq
     N    -C    CA     H
    -C   -CA     N    -O

[ ZN ]

 [ atoms ]
    ZN    ZN   2.000     0

このファイルは自由形式で、1行に最大1つのエントリのみが含まれるという制限のみがあります。ファイルの最初のフィールドは「[ bondedtypes ]」フィールドであり、それに続いて4つの数値があり、これらは結合、角度、ジヘドラル、および不適切なジヘドラルの相互作用タイプを示します。ファイルには、原子と（オプションで）結合、角度、ジヘドラル、および不適切な要素を含む残基のエントリが含まれています。電荷グループコードは電荷グループ番号を示します。同じ電荷グループにある原子は常に連続して配置する必要があります。 :ref:`pdb2gmx <gmx pdb2gmx>`を使用して、水素データベース（:ref:`hdb`を参照）で欠落している水素を追加する場合、:ref:`rtp`エントリで定義された原子名は、水素データベースで使用されている命名規則と完全に一致する必要があります。結合相互作用の原子名は、原子が前のまたは次の残基にあることを示すために、マイナスまたはプラス記号で先行または後続の原子を示すことができます。結合、角度、ジヘドラル、および不適切な要素に明示的に追加されたパラメータは、:ref:`itp`ファイル内の標準パラメータを上書きします。これは特別な場合にのみ使用する必要があります。パラメータの代わりに、各結合相互作用に対して文字列を追加できます。これは、GROMOS-96の:ref:`rtp`ファイルで使用されます。これらの文字列は、:ref:`grompp <gmx grompp>`のCプリプロセッサを使用して、`#define`ステートメントを使用して、トポロジーファイルにコピーされ、力場パラメータに置き換えることができます。

pdb2gmx は、すべての角度を自動的に生成します。これは、ほとんどの力場では、[ angles ] 項目が主に itp パラメータを上書きするために使用されることを意味します。GROMOS-96 力場の場合、すべての角度の相互作用数を指定する必要があります。

pdb2gmx は、回転可能な結合ごとに適切なジヘドラルを自動的に生成します。通常は、重い原子に適用します。 [ dihedrals ] フィールドを使用する場合、指定されたジヘドラルに対応する結合には、他のジヘドラルは生成されません。 1 つの回転可能な結合に複数のジヘドラル関数を適用することも可能です。 CHARMM27 FF の場合、pdb2gmx は、デフォルトの -cmap オプションを使用して、ジヘドラルに修正マップを追加できます。 詳細は、charmmff を参照してください。

pdb2gmx は、除外する数を3に設定します。これは、最大3つの結合でつながっている原子間の相互作用を除外することを意味します。すべての原子ペア（水素を除く）に対して、3つの結合で隔てられた原子間の相互作用が生成されます。より多くの相互作用を除外する必要がある場合、または特定の原子ペアの相互作用を生成しないようにするには、[ exclusions ] フィールドを追加し、その後に原子名のペアを別々の行に記述できます。これらの原子間のすべての非結合およびペアの相互作用が除外されます。

アミノ酸残基からビルディングブロックデータベース

各力場には、残基の独自の命名規則があります。ほとんどの残基には一貫した命名規則がありますが、特にプロトン化状態が異なる残基には、多数の異なる名前が存在する可能性があります。 :ref:`r2b`ファイルは、標準的な残基名を、力場固有のビルディングブロック名に変換するために使用されます。力場ディレクトリに :ref:`r2b`ファイルが存在しない場合、または残基がリストにない場合は、ビルディングブロック名は残基名と同じであると仮定されます。 :ref:`r2b`ファイルには、2列または5列の形式があります。2列形式では、残基名が1列目、ビルディングブロック名が2列目に記載されます。5列形式では、残基に対するビルディングブロックが、N末端、C末端、および両方の末端で同時に（単一残基分子）記載された3つの追加列が含まれています。これは、例えばAMBER力場の場合に役立ちます。末端バージョンが1つ以上存在しない場合は、対応する列にハイフンを入力する必要があります。

|Gromacs|は、残基の命名規則を持ちますが、これは：ref:`pdb2gmx <gmx pdb2gmx>`コードを除き、：ref:`r2b`ファイルと`specbond.dat`ファイルを通じてのみ明らかです。この規則は、：ref:`rtp`ファイルに残基の種類を追加する場合にのみ重要です。この規則は、：numref:`Table %s <tab-r2b>`に記載されています。例えば、ヘムグループを持つ特殊な結合の場合、|Gromacs|の命名規則は：ref:`specbond`を通じて`specbond.dat`ファイルで導入され、必要に応じて：ref:`r2b`ファイルによって翻訳することができます。

表 8 内部 GROMACS 残留名の命名規則。

GROMACS ID

アミノ酸残基

引数

アミノ酸

引数

中性アミノ酸

ASP

負に帯電したアスパラギン酸

ASPH

中性アスパラギン酸

CYS

中性システイン

CYS2

システインと、別のシステインまたはヘムに硫黄が結合している

GLU

負に帯電したグルタミン酸

GLUH

中性 グルタミン酸

HISD

中性ヒスチジンで、|NDEL|プロトンが付加

HISE

中性ヒスチジン（|NEPS|プロトン化）

HISH

ヒスチジンが正電荷を持ち、|NDEL|と|NEPS|の両方がプロトン化されている

HIS1

ヒスチジンがヘムに結合

LYSN

中性アミノ酸

LYS

プロトン化されたリジン

HEME

ヘム

データベースの原子名の変更

力場は、IUPACまたはPDBの慣例に従わない原子名を使用することがよくあります。 `:ref:`arn`データベースは、座標ファイル内の原子名を、力場の名前に対応付けるために使用されます。リストされていない原子は、元の名前を保持します。このファイルには、3つの列があり、それぞれがビルディングブロック名、古い原子名、および新しい原子名を示します。残基名は、1文字に一致する疑問符ワイルドカードをサポートしています。

「xlateat.dat」という追加の汎用的な原子名のファイルが「share/top」ディレクトリに存在し、このファイルは、座標ファイル内の一般的な非標準的な原子名の IUPAC/PDB 形式に変換します。したがって、力場ファイルを作成する際には、標準的な原子名を使用できるため、標準的な原子名から力場ファイル用の原子名への変換のみが必要となります。

水素データベース

水素データベースは、:ref:`hdb`ファイルに保存されています。これは、:ref:`pdb2gmx <gmx pdb2gmx>`プログラムが、水素原子を既存の原子に接続する方法に関する情報を含んでいます。データベースのバージョンが|Gromacs| 3.3より前の場合は、水素原子の名前は接続されている原子の最初の文字に設定されます（例：原子名に「H.」が追加されます）。3.3以降のバージョンでは、H原子を明示的に指定する必要があります。これは、以前の動作がタンパク質に特化していたため、他の分子にも一般化できないためです。同じ原子に複数の水素原子が接続されている場合、水素原子の名前の末尾に数字が追加されます。たとえば、``ND2``（アスパラギン）に2つの水素原子を追加した場合、水素原子は「HD21」と「HD22」という名前になります。これは重要です。なぜなら、:ref:`rtp`ファイル内の原子名の形式は同じである必要があるからです。水素データベースの形式は次のとおりです。

; res   # additions
        # H add type    H       i       j       k
ALA     1
        1       1       H       N       -C      CA
ARG     4
        1       2       H       N       CA      C
        1       1       HE      NE      CD      CZ
        2       3       HH1     NH1     CZ      NE
        2       3       HH2     NH2     CZ      NE

最初の行には、残基の名前（ALAまたはARG）と、この残基にデータベースから追加できる水素原子の種類数が表示されます。その後、各追加ごとに1行が表示され、その行には以下の内容が表示されます。

  • 追加されたH原子の数

  • 以下のいずれかの方法でH原子を追加できます。

    1. 平面的な水素, 例： 環またはペプチド結合
      1つの水素原子（n）が生成され、原子（i,j,k）の平面、すなわち（j-i-k）角度を挟む平面上の原子iから0.1 nmの距離に位置し、(n-i-j)と(n-i-k)の角度が90:math:`^{rm o}`より大きいようにします。
    2. 単一の水素, 例： ヒドロキシル基
      1 つの水素原子 (n) が、原子 i から 0.1 nm の距離に生成され、角度 (n-i-j) = 109.5 度の関係と、ジエダル (n-i-j-k) = trans の関係が成立する。
    3. 2つの平面的な水素原子, 例： エチレン -C=CH-₂、または アミド -C(=O)NH-₂
      2つの水素原子 (n1, n2) が、原子 i から 0.1 nm の距離に生成され、角度 (n1-i-j) = (n2-i-j) = 120 度の角と、ジエダル (n1-i-j-k) = cis、(n2-i-j-k) = trans で、IUPAC の標準的な命名規則に従う <refiupac70>：129 に従って命名されます。
    4. 2つまたは3つの四面体の水素原子, 例：-CH\(_3\)
      3つの (n1, n2, n3) または 2つの (n1, n2) 水素原子が、原子 i から 0.1 nm の距離に生成され、角度 (n1-i-j) = (n2-i-j) = (n3-i-j) = 109.47°、二面角 (n1-i-j-k) = trans、(n2-i-j-k) = trans+120°、(n3-i-j-k) = trans+240°。
    5. 一本の四面体水素, 例： C \(_3\) CH
      1つの水素原子（n′）が、四面体構造におけるi原子から0.1 nmの距離に生成され、角度（n′-i-j）＝（n′-i-k）＝（n′-i-l）＝109.47°となる。
    6. 二つの四面体水素, 例： C-CH \(_2\)-C
      二つの水素原子 (n1, n2) が、角度 j-i-k を二等分する平面上の、頂点 i における四面体構造における原子 i から 0.1 nm の距離に生成されます。このとき、(n1-i-n2) = (n1-i-j) = (n1-i-k) = 109.47° です。
    7. 水分子の2つの水素原子
      SPC 80 の水構造に基づいて、原子 i の周りに 2 つの水素原子が生成されます。対称軸は、両方向で 3 つの座標軸の間で交互に現れます。
    8. 「水分子」の水素原子３つ
      SPC 80 の水モデルに基づいて、原子 i の周りに 2 つの水素原子が生成されます。対称軸は、両方向で 3 つの座標軸の間で交互に現れます。さらに、酸素原子の位置に、名前の最初の文字を「M」に置き換えた追加の粒子が生成されます。これは、4 種類の原子で構成される水モデル（例：TIP4P :ref:`128 <refJorgensen83>）で使用するために用意されています。
    9. 「水分子」の水素原子4つ
      上記と同様ですが、酸素の位置に「LP1」と「LP2」という名前の2つの追加原子が生成されます。これは、5原子の水モデル（例：TIP5P <refMahoney2000a>）を使用する場合に役立ちます。

  • 新しいH原子の名前（またはそのプレフィックス、例： ``HD2``（以前のアスパラギン酸の例））。

  • 3つまたは4つの制御原子（i、j、k、l）を指定します。最初の原子は、常にH原子に結合されている原子です。その他の2つまたは3つは、選択されたコードによって異なります。水の場合、制御原子は1つだけです。

さらに複雑なケースも、上記のツールを組み合わせることで近似的に構築でき、適切なエネルギー最小化を行うことで、初心者向けのMDシミュレーションに適しています。たとえば、二次アミンの水素、ニトリルの水素（\(\mathrm{C}=\mathrm{NH}\)）や、エチニルの水素も、上記の方法2を使用して、ヒドロキシル基の水素を近似的に構築できます。

データベース

N末端とC末端のデータベースは、それぞれ aminoacids.n.tdb と aminoacids.c.tdb に保存されています。これらのデータベースには、pdb2gmx プログラムが、新しい原子を既存の原子に接続する方法、削除または変更する必要がある原子、および追加する必要がある結合相互作用に関する情報が含まれています。形式は以下のとおりです（gromos43a1.ff/aminoacids.c.tdb から）：

[ None ]

[ COO- ]
[ replace ]
C   C       C       12.011  0.27
O   O1      OM      15.9994 -0.635
OXT O2      OM      15.9994 -0.635
[ add ]
2   8       O       C       CA      N
    OM      15.9994 -0.635
[ bonds ]
C   O1      gb_5
C   O2      gb_5
[ angles ]
O1  C       O2      ga_37
CA  C       O1      ga_21
CA  C       O2      ga_21
[ dihedrals ]
N   CA      C       O2      gd_20
[ impropers ]
C   CA      O2      O1      gi_1

このファイルは、各ブロックがヘッダーで指定された名前を持つブロックで構成されています。これらのブロックは、分子に付加できる異なる種類の終端に対応しています。この例では、「[ COO- ]」が最初のブロックであり、終端の炭素原子を脱プロトン化されたカルボキシル基に変換することに対応しています。「[ None ]」が2番目の終端タイプであり、分子をそのまま残す終端に対応しています。ブロック名は、次のいずれでもないものでなければなりません。「replace」、「add」、「delete」、「bonds」、「angles」、「dihedrals」、「impropers」。そうすると、ブロックのパラメータと干渉し、人間にとって非常に混乱を招く可能性があります。

各ブロックには、以下のオプションがあります。

  • [ 置き換え ]
    既存のアトムを、異なるアトムタイプ、アトム名、電荷、および/または質量を持つアトムで置き換えます。このエントリは、入力座標と：ref:`rtp`データベースの両方に存在するアトムを置き換えるために使用できます。また、入力座標内のアトムの名前のみを、フォースフィールド内の名前と一致するように変更することも可能です。この場合、対応する「[ add ]」セクションも存在し、同じアトムを追加するための指示を提供する必要があります。これにより、アトムの位置と結合が特定されます。このようなアトムは、入力座標に存在し、保持することも、存在せず、：ref:`pdb2gmx <gmx pdb2gmx>`によって構築することも可能です。置き換えるアトムごとに、以下のフィールドを入力する必要があります。

    • 置換するアトームの名前

    • 新しい原子名 (任意)

    • 新しい原子タイプ

    • 新しい質量

    • 新しい電荷

  • [ 追加 ]
    新しい原子を追加します。追加された各原子に対して、2行の記述が必要です。最初の行には、水素データベースのエントリと同じフィールド（新しい原子の名前、原子の数、追加の種類、制御原子など）が含まれます（詳細は：ref:`hdb`を参照）。ただし、追加の種類は、特にC末端の追加のために、2つ追加されています。
    1. 2つのカルボキシル酸素、-COO\(^-\)
      2つの酸素原子 (n1, n2) が、ルール3に従って、原子 i から 0.136 nm の距離と、角度 (n1-i-j) = (n2-i-j) = 117 度の距離に生成されます。
    2. カルボキシル酸素と水素、-COOH
      ルール3に従い、2つの酸素原子（n1、n2）が、それぞれn1がi原子から0.123 nm、n2がi原子から0.125 nmの距離に、および角度（n1-i-j）=121度、(n2-i-j) = 115度の位置に生成されます。ルール2に従い、n2の周りに水素原子（n\(^\prime\)）が1つ生成されます。ここで、n-i-jとn-i-j-kは、それぞれn\(^\prime\)-n2-iとn\(^\prime\)-n2-i-jとして解釈されます。

    この行以降、追加された原子(原子)の詳細が指定される行が続き、原子を置換する際に指定する形式と同じ形式で、つまり：

    • 原子の種類

    • 質量

    • 電荷

    • チャージ グループ (オプション)

    同様に、水素データベース（を参照：rtp）では、既存の原子に複数の原子が接続されている場合、原子名の末尾に数字が追加されます。注意：水素データベースと同様に、原子名は現在、制御原子と同じ行に配置されています。以前の|Gromacs|バージョン3.3では、原子名は2行目の先頭に配置されていました。電荷グループフィールドが省略された場合、追加された原子は、接続されている原子と同じ電荷グループ番号になります。

  • [削除]
    既存の原子を削除します。1行に1つの原子名を指定してください。
  • [結合]、[角度]、[二面角]``および``[不規則結合]
    追加の結合パラメータを追加します。形式は、:ref:`rtp`ファイルで使用されている形式と同じです。詳細は：:ref:`rtp`を参照。

仮想サイトデータベース

入力ファイル内の水素の位置に依存できないため、仮想サイトの水素を追加する際のジオメトリとパラメータを決定するために、特別な入力ファイルが必要です。特に、アロマティックなサイドチェーン全体を剛体化する場合など、より複雑な仮想サイト構造の場合には、サイドチェーン内のすべての原子の平衡な結合長と角度に関する情報も必要です。この情報は、各フォースフィールドの :ref:`vsd`ファイルに指定されます。終端と同様に、:ref:`rtp`ファイル内の各残基クラスに対して、1つのファイルが用意されています。

仮想サイトデータベースは、情報の簡単なリストです。最初の数セクションでは、CH\(_3\)、NH\(_3\)、およびNH\(_2`グループで使用する質量中心（通常はMCH\ :math:`_3\)/MNH:math:`_3`と呼ばれます）を指定します。水素と重原子間の平衡な結合長と角度に応じて、これらの質量中心間のわずかに異なる制約距離を適用する必要があります。注記：実際のパラメータ（つまり、これは自動的に処理されます）を指定する必要はありませんが、使用する質量中心の種類を指定するだけです。これを行うには、3つのセクション名「[ CH3 ]」、「[ NH3 ]」、および「[ NH2 ]」があります。これらのうち、それぞれ3つの列が必要です。最初の列は、2/3の水素に結合されている原子の種類、2番目の列は、この原子に結合されている次の重原子の種類、3番目の列は使用する質量中心の種類です。特別なケースとして、「[ NH2 ]」セクションでは、2番目の列に「planar」を指定することもでき、質量中心を使用せずに別の構造を作成できます。現在、いくつかの力場において、NH:math:`_2`グループが平面であるかどうかについて意見が分かれていますが、力場のデフォルトの平衡パラメータに準拠するように努めています。

仮想サイトデータベースの第二部分は、芳香族側鎖内の原子のペア/トリプレット間の、明示的な平衡結合長と角度を含みます。これらのエントリは、現在、仮想サイト生成コード内の特定のルーチンによって読み取られています。したがって、例えばヌクレオチドにも対応できるように拡張する場合は、新しいコードも作成する必要があります。これらのセクションは、短いアミノ酸名（「[ PHE ]」、「[ TYR ]」、「[ TRP ]」、「[ HID ]」、「[ HIE ]」、「[ HIP ]」）にちなんで名付けられており、原子名、続いて結合長（nm）または角度（度）を示す数値を含む2〜3列で構成されています。注記：これらの値は、分子全体の平衡状態を表しており、分子が歪んでいる場合、単一の結合/角度の平衡値とは異なる可能性があります。

特別な結合

：ref:pdb2gmx が主にマクロ分子を構築するために使用する主なメカニズムは、異なる残基のバックボーン原子間のヘッドからテールへのリンクを利用することです。 一部のケース（*例：*二硫化物結合、ヘムグループ、分岐ポリマー）では、バックボーン上にない残基間の結合を作成する必要があります。 この機能は、ファイル specbond.dat で処理されます。 残基が同じ [ moleculetype ] に属している必要があります。 pdb2gmx の -merge および -chainsep 関数は、異なる鎖間の特別な残基間の結合を管理する際に役立ちます。

specbond.dat の最初の行は、ファイル内のエントリの数を指定します。 新しいエントリを追加する場合は、必ずこの数を増やしてください。 ファイル内の残りの行は、結合を作成するための仕様を提供します。 これらの結合については、オプションで新しい結合に関連付けられたカスタム不適切なジヘドラルも指定できます。 行の形式（オプションの項目は [] で囲む）は次のとおりです。

resA atomA nbondsA resB atomB nbondsB length newresA newresB [atomI atomJ atomK atomL]

以下の列は、それぞれ以下の内容を示します。

  1. resA Aが結合に関与する残基の名前。

  2. atomA: 残留体Aにある、結合を形成するアトンの名前。

  3. nbondsA は、atomA が形成できる結合の総数を指定します。

  4. resB: 残基Bの名前。この残基が結合に関与しています。

  5. atomB: 残留体Bにある、結合を形成するアトンの名前。

  6. nbondsB は、atomB が形成できるボンドの総数を指定します。

  7. length: 結合の参照長。atomA と atomB が、pdb2gmx に提供された座標ファイル内で、\(\pm\) 10% の範囲内にある場合にのみ、結合が形成されます。

  8. newresA、必要に応じて、残基Aの新しい名前。一部の力場では、例えば、二硫化物またはヘム結合におけるシステインに対して「CYS2」を使用します。

  9. newresB、残基Bの新しい名前も同様です。

  10. atomI: i-j-k-l の不適切なジヘドラル原子 i。形式は

    [スペックボンドの残基]-[原子名] (例: B-SG)。文字は、それぞれ resA または resB に対応する A または B のいずれかです。

  11. atomJ i-j-k-l の不適切なジヘドラル原子 j。

  12. atomK: i-j-k-l の不適切なジヘドラル原子 k のカスタム値。

  13. atomL: i-j-k-l の i, j, k, l の不適切なジヘドラル原子。