gmx extract-cluster¶

概要¶

gmx extract-cluster [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
             [-n [<.ndx>]] [-clusters [<.ndx>]]
             [-o [<.xtc/.trr/...>]] [-b <time>] [-e <time>]
             [-dt <time>] [-tu <enum>] [-fgroup <selection>]
             [-xvg <enum>] [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>]
             [-selrpos <enum>] [-select <selection>] [-vel <enum>]
             [-force <enum>] [-atoms <enum>] [-precision <int>]
             [-starttime <time>] [-timestep <time>] [-box <vector>]

説明¶

gmx extract-cluster コマンドを使用すると、gmx cluster コマンドで -clndx オプションを使用して取得したクラスタに対応する軌道フレームを抽出できます。このモジュールは、GROMACS でサポートされているすべての軌道ファイル形式の書き込みをサポートしています。

また、追加情報を変更するための、いくつかの選択肢も含まれています。

各クラスターに対して、出力軌道ファイルに選択した原子のみを書き込むことができます。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション): 入力トレジャーまたは単一構成ファイル: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション): 入力構造: tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): 追加のインデックスグループ
-clusters [<.ndx>] (cluster.ndx): インデックスファイルの名前。各クラスタのフレームインデックスを含む、gmx cluster -clndx コマンドで取得したファイル名。

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xtc/.trr/...>] (trajout.xtc): 各クラスタに書き込まれる軌道ファイルのファイル名のプレフィックス： xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレーム (ps) から読み込むトレース
-e <時間> (0): 読み込むトレジャーの最後のフレーム (ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt が最初に発生した時間と等しい場合にのみ使用してください (ps)
-tu <enum> (ps): 時間値の単位: fs, ps, ns, us, ms, s
-fgroup <選択>: 軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）
-xvg <enum> (xmgrace): プロットのフォーマット: xmgrace, xmgr, なし
-[no]rmpbc (はい): 各フレームで分子を全体として扱う
-[no]pbc (有効): 周期境界条件を使用して距離を計算する
-sf <ファイル>: ファイルからの選択肢を提供
-selrpos (属性): 選択基準となる位置: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog
-select <選択>: ファイルに書き込む原子の選択
-vel <enum> (存在する場合に保持): フレームから速度を保存する場合：保存する場合、常に、または決して保存しない
-force <enum> (存在する場合に保持): フレームから、可能な限り、以下の情報を保存します: preserved-if-present, always, never
-atoms <列挙> (存在する場合に保持): 新しいアトミック情報をトポロジーから取得するか、現在のフレームのアトミック情報を利用するかどうかを決定します: preserved-if-present、always-from-structure、never、always
-precision <int> (3): 出力精度をカスタム値に設定する
-starttime <時間> (0): 最初のフレームの開始時間を変更する
-timestep <時間> (0): 異なるフレーム間の時間変更
-box <ベクトル>: 新しい対角線ボックスベクトルの出力フレーム用