GROMACS 2021.5 リリースノート¶
このバージョンは2022年1月14日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2021.4バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2020.6およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
Parrinello-Rahman圧力を適用する際に、凍結された原子の座標をスケーリングしないでください。¶
パリンネロ-ラフマンの圧力を利用した場合、すべての原子に対してボックスのスケーリングが適用され、固定された原子が移動する。この効果は、ボックスの側面に現れ、シミュレーション中に圧力が大きく変化した場合に顕著になる。現在、固定された原子はカップリングによって無視され、固定された寸法を持つ原子は、その値を維持する。
PMEからのデルタHの影響を適切に考慮して、FEPを使用してAWHを実行する際には、注意が必要です。¶
PMEの線形な貢献額（PMEがGPU上で計算された場合、または別個のPMEランクで計算された場合）は、AWHによって制御されたFEPで利用するために、計算が遅れてしまい、結果としてAWHによって制御されたFEPでGPU上でPMEを計算した場合、または別個のPMEランクを使用した場合のシミュレーション結果を確認してください。
修正：AWH ユーザーの PMF 読み取り時の、大きな PMF 値の読み取りエラー¶
ユーザーが提供したAWH入力を、PMFの値が88 kTを超える状態でmdrunで読み込むと、mdrunがアサーションエラーで終了します。現在は、700 kTまでの値が許可されており、それを超える場合は、明確なエラーメッセージとともに終了します。
gmx ツールに関する修正¶
gmx make_edi は、出力ファイルを正しく閉じるようになりました。¶
以前はファイルが明示的に閉じられておらず、その結果は実行環境に依存していました。今後はすべての環境で動作します。
``gmx spatial``における、範囲外アクセス、オーバーフロー、および誤った出力の修正¶
``gmx spatial``におけるメモリ管理に関するいくつかの問題が修正されました
移植性に影響を与える修正¶
その他の機能¶
AmpereクラスのNvidia GPU上で実行する場合のパフォーマンス改善¶
短距離の非相互作用カーネルのパフォーマンスを最大で12%向上。