gmx awh

概要

gmx awh [-f [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-fric [<.xvg>]]
        [-b <time>] [-e <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>] [-skip <int>]
        [-[no]more] [-[no]kt]

説明

gmx awh は、エネルギーファイルから AWH データを抽出します。 1 つまたは 2 つのファイルが、時間ごとの AWH バイアスごとに作成されます。 バイアスインデックス（複数ある場合）は、ファイルに付加され、またフレームの時間も記録されます。 デフォルトでは、PMF のみが出力されます。 -more オプションを使用すると、バイアス、ターゲット、および座標分布も出力され、さらに摩擦テンソルの正規化された値（平均が 1 になるように）も出力されます。 オプション -fric は、摩擦テンソルのすべての成分を、別のファイルセットに出力します。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.edr>] (ener.edr)

エネルギーファイル

-s [<.tpr>] (topol.tpr)

ポータブル XDR 実行入力ファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (awh.xvg)

ファイル名: xvgr/xmgr

-fric [<.xvg>] (摩擦力.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）

-e <時間> (0)

最後に読み込むフレームの時間 (デフォルト単位: ps)

-[no]w (no)

出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-xvg (xmgrace)

xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし

-skip <整数> (0)

Skip number of frames between data points

-[no]more (いいえ)

より多くの出力を印刷する

-[no]kt (無)

kT単位で自由エネルギー出力を表示する (kJ/molではなく)