gmx densorder¶

概要¶

gmx densorder [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
             [-o [<.dat>]] [-or [<.out> [...]]] [-og [<.xpm> [...]]]
             [-Spect [<.out> [...]]] [-b <time>] [-e <time>]
             [-dt <time>] [-[no]w] [-[no]1d] [-bw <real>]
             [-bwn <real>] [-order <int>] [-axis <string>]
             [-method <enum>] [-d1 <real>] [-d2 <real>]
             [-tblock <int>] [-nlevel <int>]

説明¶

gmx densorder は、MD軌跡で計算された2相密度分布を、時間とともに変動する2次元表面に変換し、インターフェースの密度に対して適切な関数プロファイルを適用することで、その密度を削減します。オプション -tavg を使用すると、インターフェースの時間平均の空間表現を出力できます。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-s [<.tpr>] (topol.tpr): ポータブル XDR 実行入力ファイル
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-n [<.ndx>] (index.ndx): インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.dat>] (Density4D.dat) (オプション): 汎用データファイル
-または [<.out> [...]] (hello.out) (オプション): 汎用出力ファイル
-og [<.xpm> [...]] (interface.xpm) (オプション): X PixMap互換のマトリックスファイル
-Spect [<.out> [...]] (intfspect.out) (オプション): 汎用出力ファイル

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e <時間> (0): 読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間（デフォルト単位：ps）
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-[no]w (いいえ): 出力表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-[no]1d (無): 疑似 1 次元インターフェース幾何
-bw <実数値> (0.2): 密度分布のインターフェースに平行な方向の幅
-bwn <実数値> (0.05): インターフェースに垂直な密度分布の幅
-order <int> (0): ガウスフィルタの順序：順序 0 はフィルタリングなし
-axis <文字列> (Z): 軸方向 - X、Y または Z
-method <enum> (bisect): インターフェースの場所の決定方法: バイセクト法、機能的な方法
-d1 <実数> (0): 大塊密度、フェーズ1（小さなzの値で）
-d2 <実数> (1000): 大スケールでの第2フェーズの体密度
-tblock <整数> (100): 1つの時間ブロックあたりのフレーム数（平均）
-nlevel <整数> (100): 2Dにおける高さレベル数 - XPixMaps