GROMACS 2024.2 のリリースノート¶
このバージョンは2024年5月10日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2024.1バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正するために作成されています。また、2023.5バージョンおよびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
AdaptiveCpp/hipSYCL を使用してクラッシュを防止¶
一部のケースでは、GROMACS が隣接検索ステップでランダムにクラッシュし、「hip_queue: hipMemsetAsync() failed (error code = HIP:1)」というエラーが発生することがありました。これは、バッファに対する操作が実行されている間に、バッファの再割り当てが原因でした。この問題を回避するために、明示的な同期を追加しました。
影響を受けるのはAdaptiveCpp/hipSYCLのビルドのみです。これにより、物理計算に誤りが生じることはありませんが、``mdrun``がクラッシュする可能性があります。
gmx ツールに関する修正¶
gmx msd での結果が悪い場合に備えて、エラーと警告を改善し、問題を回避する¶
-trestart が -dt で割り切れない場合、または -dt が -trestart より大きい場合に、適切にエラーを処理します。 2つの値が等しい場合、警告が表示されます。
編集設定とtrjconvからのエラーメッセージの改善¶
-conect オプションを使用する場合、.tpr ファイルが提供されない場合に、適切にエラーを処理します。また、-pbc オプションを使用する際に、.tpr ファイルが提供されない場合に、「ファイル入力/出力エラー」が表示されないようにします。
破損した xtc ファイルによる浮動小数点例外を回避する¶
破損した xtc ファイルの読み込みは、浮動小数点例外を引き起こす可能性があります。 現在、gmx 実行ファイルはエラーメッセージとともに終了します。
ColvarsファイルのバックアップスキームをGROMACSと一貫させるようにする¶
GROMACS 2024.0 および 2024.1 の Colvars の出力ファイルは、GMX_MAXBACKUP の値に関わらず、1 回のみバックアップされました。これは 2024.2 以降のリリースで修正され、Colvars が GROMACS 自体によって生成される他のファイルと同様に、既存の出力ファイルを一貫してバックアップするようにします。
移植性に影響を与える修正¶
AMD Zen 4 で AVX-512 SIMD を使用する Intel コンパイラの利用を可能にする¶
修正方法は、Intel oneAPI DPC++/C++ コンパイラと AVX-512 用の、より新しいスタイルのコンパイラフラグを使用することです。古いスタイルのフラグである -xCORE-AVX512 は、Intel CPU のみに対応していますが、新しいスタイルの -march=skylake-avx512 は、AMD CPU もサポートします。これにより、Zen 4 コア搭載の AMD CPU で Intel コンパイラを使用してビルドできるようになります。
早期にサポートされていないコンパイラについて警告する¶
現在、CMakeは、他の致命的な問題が発生する前に、ユーザーのコンパイラが破損またはサポートされていないことを報告します。これにより、重要な問題が隠れてしまうのを防ぎます。
ビルド構成時に、カスタムのインストールパス (rpath) を指定できるようにする¶
CMake のビルドとインストール手順では、構成時にユーザーが指定した CMAKE_INSTALL_RPATH の値を、以前のように上書きするのではなく、追加するように変更されます。
コンパイラのパスに dpcpp が含まれることを許可する¶
コンパイラ「dpcpp」はサポートされなくなりました。そのため、CMakeは「dpcpp」という文字列を含む完全なパスを持つコンパイラの使用を禁止します。しかし、以前は意図せず、完全なパスに「dpcpp」という文字列が含まれるコンパイラの使用も禁止していました。
その他¶
NBLIBでは常に幾何学的なレンナー・ジョーンズの組み合わせルールが使用されています。¶
現在、NBLIBは、ユーザーが設定したLennard-Jonesパラメータから、Lennard-Jonesの組み合わせルール（またはそのいずれもなし）を検出します。
cuFFTMpのコンパイル問題を修正¶
cuFFTMp のビルドは、コンパイラが正しいパスを認識できるようになり、より成功する可能性が高くなりました。
最新のNVIDIA GPUでの特定のケースにおけるパフォーマンスの低下を修正¶
バージョン 2024.0 では、NVIDIA GPU 上での非結合力計算の最適化を導入し、ループアンローリングの調整により、さまざまなケースでのパフォーマンスが向上しました。ここでは、特定のケースで発生した問題に対処するために、この最適化を調整しました。この問題は、この調整によって引き起こされたことが判明しました。
ARM向けでのclangとSVEを使用したパフォーマンスの低下を修正¶
非結合型CPU SIMDカーネルには、展開されていないループが含まれており、特にARM SVEにおけるclangのLLVMバックエンドを使用した場合に問題が発生する可能性があります。他のコンパイラとアーキテクチャの組み合わせでも同様の問題が発生する可能性があります。ただし、これらのカーネルの特定のバージョンで、複数のプラットフォームでパフォーマンスの低下が残っている可能性があります。
修正：NbnxmSetupTest.CanCreateNbnxmGPU で発生するクラッシュ¶
NbnxmSetupTest.CanCreateNbnxmGPU は、ペアリストの初期化中に freeDeviceBuffer 関数で発生するエラーにより、GPU ビルドでクラッシュする可能性があります。
修正：マッサ・リパーティションングにおける「mdp」キーワードの誤った記述をドキュメントで修正¶
「mdp」というキーワードは、マスの再分割オプションの一覧で誤って記載されていました。
報告: AdaptiveCpp/hipSYCL コンパイラのパスを gmx -version で報告¶
2024.0 と 2024.1 では空欄でした。