GROMACS 2020.2 リリースノート¶
このバージョンは2020年4月30日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2020.1バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2019.6バージョンおよびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
ドメイン分解なしで、Ewaldの偶極補正が不正確¶
Ewaldの偶極補正（ε-表面 ≠ 0）は、ドメイン分割を使用していない場合に無効になりました。ドメイン分割を使用する場合は、分子が単一の更新グループ（例：水）で構成されている場合にのみ機能します。この問題は、リリース2021で修正されます。
アンセムシミュレーションをチェックポイントから再起動¶
展開されたアンセムシミュレーションをチェックポイントから再起動する場合、展開されたアンセムは問題なく実行されず、シミュレーションは元のラムダ状態のままになります。
LJ PME を使用した自由エネルギー計算の修正¶
修正しました：free energy perturbation を使用して vdwtype = pme の場合に、不適切な長距離補正を計算していた問題を修正しました。これにより、力、エネルギー、λ の偏微分、および外部 λ の値が誤って計算されることがなくなりました。
-update gpu の場合、質量心の速度が正しく削除されるようになりました。¶
中心の質量運動を削除した場合、速度はCPUメモリに更新されます。GPUでの更新の場合、CPUで更新された後、GPUメモリにコピーする必要があります。これは、特に中心の質量の速度を最初に大きく設定した場合に、ほとんどのケースで影響します。
修正：ゼロ以外の初期ステップでチェックポイントの再起動¶
チェックポイントからの再起動時に、シミュレーションがすでに完了しているかどうかを確認する際、「init-step」パラメータは無視されました。その結果、このチェックは「init-step」が0であった場合、または指定されていない場合にのみ正しく機能しました。
gmx ツールに関する修正¶
時刻出力単位の修正¶
マイクロ秒またはそれ以上の時間単位を選択する場合、「gmx tool -tu」は、.xvgおよび特に.xvgrプロットで正しい文字列を生成します。
修正 do_dssp¶
このツールは、セグメンテーション違反でクラッシュします。
移植性に影響を与える修正¶
GCC 9 以降で IBM_VSX サポートが検出されないという問題について、より明確なメッセージを提供してください。¶
CMakeは、混乱を招くエラーメッセージで失敗することがありました。
その他の機能¶
初期のDLB状態の報告を修正¶
DLBの状態が初期値として誤ってログファイルに記録されました。これは、`mdrun`の起動時に「on」または「auto」の値が選択された場合に発生します。