新機能および改善点¶
mdrun は、AWH バイアス共有による保存されたエネルギー量を現在も報告します。¶
アンセムの温度を設定するためのオプションを追加¶
いくつかのアルゴリズム（圧力結合やAWHなど）は、システムの温度を必要とします。すべての原子が（同じ）温度に結合されていない場合でも、新しいmdpオプションを使用して、mdrunにエンsemblesの温度を伝えることが可能になりました。
gmxapi.mdrun は、シミュレーションの作業ディレクトリのパスを公開します。¶
gmxapi.mdrun().output.directory は、シミュレーション(複数)の作業ディレクトリ(またはディレクトリ)への(将来の)パスを提供します。これは、ユーザーがシミュレーションによって生成されることが知られているファイルに基づいて、および OutputDataProxy の他の既存の属性で表現されていないファイルに基づいて、データフローを表現するために、gmxapi.utility.join_path() と組み合わせて使用すると便利です。
gmxapi.mdrun は、STDOUT と STDERR の出力をキャプチャするようになりました。¶
GROMACS ライブラリは、大量の出力を標準出力と標準エラー出力に直接出力します。 これまで、シミュレーション出力が通常ターミナルに出力される場合、Pythonインタプリタの外から捕捉する必要がありました。 特に、mpi4pyベースの環境では、``mpiexec``コマンドラインを操作することなく、出力を捕捉することが困難でした。
gmxapi.mdrun は、シミュレーション中に STDERR と STDOUT をリダイレクトし、新しい stdout と stderr の出力で、生成されたテキストファイルのパスを提供します。
参照：4541