gmx rms

概要

gmx rms [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
        [-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]]
        [-mir [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]] [-dist [<.xvg>]] [-m [<.xpm>]]
        [-bin [<.dat>]] [-bm [<.xpm>]] [-b <time>] [-e <time>]
        [-dt <time>] [-tu <enum>] [-[no]w] [-xvg <enum>]
        [-what <enum>] [-[no]pbc] [-fit <enum>] [-prev <int>]
        [-[no]split] [-skip <int>] [-skip2 <int>] [-max <real>]
        [-min <real>] [-bmax <real>] [-bmin <real>] [-[no]mw]
        [-nlevels <int>] [-ng <int>]

説明

gmx rms は、ルート平均二乗偏差 (RMSD)、サイズに依存しない rho 類似度パラメータ (rho) またはスケーリングされた rho (rhosc) を計算することで、2つの構造を比較します。詳細は、Maiorov & Crippen, Proteins 22, 273 (1995) を参照してください。比較方法は、オプション -what で指定します。

各軌跡（-f で指定）の構造は、参照構造と比較されます。参照構造は、構造ファイル（-s で指定）から取得されます。

オプション -mir を使用すると、参照構造の鏡像との比較も計算されます。これは、「重要な」値の参照として役立ちます。詳細は、Maiorov & Crippen, Proteins 22, 273 (1995) を参照してください。

オプション -prev は、指定されたフレーム数前のフレームとの比較を行います。

オプション -m は、軌跡中の各構造間の比較値を、.xpm 形式のマトリックスとして生成します。このファイルは、例えば xv を使用して表示したり、gmx xpm2ps を使用して PostScript 形式に変換したりできます。

オプション -fit は、構造を重ね合わせる際の最小二乗法による適合を制御します。完全な適合（回転と翻訳）、翻訳のみ、または適合なしのいずれかを選択できます。

オプション -mw は、質量補正を行うかどうかを制御します。 このオプションを選択（デフォルト）し、有効な .tpr ファイルを指定すると、質量はそこから取得されます。 それ以外の場合は、質量は GMXLIB 内の atommass.dat ファイルから推測されます（非推奨）。 これはタンパク質には適していますが、他の分子には必ずしも適していません。 これが実行されたかどうかを確認するには、-debug フラグを有効にし、ログファイルを確認してください。

-f2 を使用すると、「その他の構造」は別の軌跡から取得され、これにより、1つの軌跡と別の軌跡との比較行列が生成されます。

オプション -bin は、比較行列のバイナリダンプを作成します。

オプション -bm は、比較グループ内の原子間の結合偏差の行列を生成します。これは、オプション -m と同様の方法で、結合偏差の行列を作成します。ただし、このオプションは、比較グループ内の原子間の結合のみを考慮します。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)

構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)

軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション)

軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション)

インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (rmsd.xvg)

ファイル名: xvgr/xmgr

-mir [<.xvg>] (rmsdmir.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

-a [<.xvg>] (avgrp.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

-dist [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (オプション)

ファイル名: xvgr/xmgr

-m [<.xpm>] (rmsd.xpm) (オプション)

X PixMap互換のマトリックスファイル

-bin [<.dat>] (rmsd.dat) (オプション)

汎用データファイル

-bm [<.xpm>] (bond.xpm) (オプション)

X PixMap互換のマトリックスファイル

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)

-e <時間> (0)

最後に読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間（デフォルト単位：ps）

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）の場合のみ使用してください。

-tu <enum> (ps)

時間値の単位: fs、ps、ns、us、ms、s

-[no]w (no)

表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル

-xvg (xmgrace)

xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし

-what <enum> (rmsd)

構造的差異測定: RMSD, Rho, RHOSC

-[no]pbc (有効)

PBC の確認

-fit (回転＋移動)

対応する構造に合わせる: 回転+移動、翻訳、なし

-prev <int> (0)

前のフレームとの比較

-[no]split (無)

グラフを時間軸で分割する

-skip <整数> (1)

各 nr 番目のフレームのみをマトリックスに書き込む

-skip2 <整数> (1)

各 nr 番目のフレームのみをマトリックスに書き込む

-max (-1)

比較マトリックスにおける最大レベル

-min (-1)

比較マトリックスにおける最小レベル

-bmax (-1)

結合角度行列における最大レベル

-bmin <実数> (-1)

最小値の結合角行列

-[no]mw (有効)

Use mass weighting for superposition

-nlevels <整数> (80)

マトリックスのレベル数

-ng <int> (1)

RMS を計算するグループの数