gmx msd

概要

gmx msd [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
        [-o [<.xvg>]] [-mol [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
        [-dt <time>] [-tu <enum>] [-fgroup <selection>] [-xvg <enum>]
        [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>] [-selrpos <enum>]
        [-seltype <enum>] [-sel <selection>] [-type <enum>]
        [-lateral <enum>] [-trestart <real>] [-maxtau <real>]
        [-beginfit <real>] [-endfit <real>]

説明

gmx msd は、初期位置の集合から原子の平均二乗移動（MSD）を計算します。これにより、アインシュタインの関係を使用して拡散定数を簡単に計算できます。MSDの計算に使用する基準点の間隔は、オプション -trestart で設定します。拡散定数は、MSD(t) をオプション -beginfit から -endfit までの範囲で、直線（D*t + c）に最小二乗法で当てはめることによって計算されます（ここで t は基準位置からの時間であり、シミュレーション時間ではありません）。また、当てはめられた二つの半分の範囲から得られた拡散定数の差である、誤差推定値も提供されます。

以下の3つのオプションは、異なる種類の平均二乗散布を決定するために使用できます。これらは互いに排他的です。 -type、 -lateral、および -ten。オプション -ten は、各グループの完全な MSD テンソルを書き出します。出力の順序は、trace xx yy zz yx zx zy です。

「-mol」が設定されている場合、「gmx msd」は個々の分子（周期境界をまたいで分子をまとめることも含む）のMSD（分子間散逸）をプロットします。各分子の中心位置に対して、拡散定数が計算されます。選択したインデックスグループは分子に分割されます。-molを使用する場合、1つのインデックスグループのみを選択できます。

拡散係数は、MSDの線形回帰によって決定されます。 -beginfit が -1 の場合、フィッティングは 10% から開始され、-endfit が -1 の場合、フィッティングは 90% まで行われます。 このオプションを使用すると、個々の分子間の統計に基づいて、正確な誤差推定値も得られます。 ただし、この拡散係数と誤差推定値は、-beginfit と -endfit の間に MSD が完全に線形である場合にのみ正確です。

デフォルトでは、gmx msd はすべての軌道フレームを、-trestart インターバルで保存されているすべてのフレームと比較するため、処理されるフレームの数が保存されているフレームの数と線形に増加します。これにより、長い/大きな軌道の場合、分析時間が長くなり、メモリ不足エラーが発生することがあります。また、高い時間間隔で取得されたデータは、十分なサンプリングがないことが多く、結果として、低い時間間隔で取得されたデータでまっすぐに表示される領域の後で、MSDプロット上に波打った線が表示されることがあります。-maxtau オプションを使用すると、フレーム比較の最大時間間隔を制限できます。これにより、パフォーマンスが向上し、メモリ不足の問題を回避できます。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション)

入力軌跡または単一構成: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション)

入力構造: tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション)

追加のインデックスグループ

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (msdout.xvg) (オプション)

出力結果

-mol [<.xvg>] (diff_mol.xvg) (オプション)

各分子の拡散係数をレポートする

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレーム (ps) から読み込むトレース

-e <時間> (0)

読み込む軌跡の最後のフレーム (ps)

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt が最初に発生した時間と一致する場合のみ使用してください (ps)

-tu <enum> (ps)

時間値の単位: fs, ps, ns, us, ms, s

-fgroup <選択>

軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）

-xvg <enum> (xmgrace)

書式設定: xmgrace, xmgr, なし

-[no]rmpbc (はい)

各フレームで分子を完全な状態にする

-[no]pbc (有効)

周期境界条件を使用して距離を計算する

-sf <ファイル>

ファイルからの選択肢を提供

-selrpos (列選択位置)

選択基準位置: 原子、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、dyn_mol_cog

-seltype <enum> (アトム)

デフォルトの選択出力位置: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog

-sel <選択範囲>

参照から計算するMSDの選択

-type <enum> (未使用)

: x, y, z, 不要な変数

-lateral <enum> (未使用)

: x, y, z, 不要な変数

-trestart <実数値> (10)

再起動ポイント間の時間 (ps)

-maxtau <実数> (1.79769e+308)

フレーム間の最大時間差（ps）を、MSDを計算するために使用する

-beginfit <実数値> (-1)

適合を開始するタイミング。

-endfit <実数値> (-1)

適合の終了時間。