gmx polystat¶

概要¶

gmx polystat [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
             [-o [<.xvg>]] [-v [<.xvg>]] [-p [<.xvg>]] [-i [<.xvg>]]
             [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-tu <enum>]
             [-[no]w] [-xvg <enum>] [-[no]mw] [-[no]pc]

説明¶

gmx polystat は、ポリマーの静的な特性を時間とともにプロットし、平均値を表示します。

デフォルトでは、ポリマーの平均エンドツーエンド距離と回転半径を計算します。インデックスグループを指定し、これを分子に分割します。その後、各分子の最初の原子と最後の原子を使用してエンドツーエンド距離を計算します。回転半径については、平均回転テンソルの合計と3つの主成分が書き込まれます。オプション -v を使用すると、固有ベクトルも書き込まれます。オプション -pc を使用すると、個々の回転テンソルの平均固有値も書き込まれます。オプション -i を使用すると、平均内部距離の二乗が書き込まれます。

オプション -p を使用すると、持続長さが決定されます。選択されたインデックスグループは、ポリマーの主鎖で隣接して結合された原子で構成される必要があります。その後、偶数差を持つ結合間の角度のコサインから持続長さが決定されます。奇数のペアは使用されません。これは、通常、直線的なポリマーの骨格はすべて trans であり、したがって、すべての結合が交互に配置されるためです。持続長さは、平均コサインが 1/e の値に達する結合の数として定義されます。この値は、log(<cos>) の線形補間によって決定されます。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-s [<.tpr>] (topol.tpr): ポータブル XDR 実行入力ファイル
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (polystat.xvg): ファイル名: xvgr/xmgr
-v [<.xvg>] (polyvec.xvg) (オプション): ファイル名: xvgr/xmgr
-p [<.xvg>] (persist.xvg) (オプション): ファイル名: xvgr/xmgr
-i [<.xvg>] (intdist.xvg) (オプション): ファイル名: xvgr/xmgr

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e (0): 読み込むトレースの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-tu <enum> (ps): 時間値を表す単位: fs, ps, ns, us, ms, s
-[no]w (no): 出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-xvg (xmgrace): xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-[no]mw (はい): 円運動の半径の重み付けに、質量を用いる
-[no]pc (無): 平均固有値をプロットする