修正されたバグ¶
コラティブ変数モジュール (Colvars) のアップデート¶
GROMACS に含まれる、サンプリングシミュレーションを強化するためのライブラリである (Colvars) が、2025-10-13 バージョンに更新されました。
This update brings many fixes, including some errors in gradient calculations, mostly affecting rarely used cases (see this page for details). A complete list of changes can be found here.
Tpr-ファイルバージョニングの修正¶
以前にインストールされている GROMACS のバージョンは、新しいバージョンの GROMACS が作成した .tpr ファイルを少なくとも基本的なレベルで読み取れるように設計されています。ただし、.tpr 形式の変更によって、この機能が制限される場合があります。これは GROMACS 2025 で発生しましたが、バージョン番号が適切にインクリメントされなかったため、誤ったおよび誤解を招くようなエラーメッセージが表示されました。これは、既存のインストール済み GROMACS と .tpr ファイルに対しては修正できませんが、新たに作成された .tpr ファイルに対しては、問題が発生しなくなります。
直接ハロー通信における非結合相互作用の欠落を修正¶
8つのSIMDカーネルとOpenMPスレッドを組み合わせ、実験的な直接ハロー通信機能を使用する場合、非結合インタラクションが欠落する可能性があります。
分子間排除に関わる原子が擾乱されることを許可する¶
仮想サイトの原子の構築時に、チェックを追加¶
仮想サイトの構築も、仮想サイト自体が仮想サイトになる可能性がありますが、その構築を行うものが仮想サイトであり、かつ、その仮想サイトが関数呼び出しのリストにおいて上位（より単純な）位置にある場合にのみ有効です。これはマニュアルに記載されています。今後は、これらの制約が違反された場合に、`grompp`と`mdrun`がエラーを発生させます。