GROMACS 2019.3 リリースノート¶
このバージョンは2019年6月14日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2019.2バージョン以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正するために作成されています。また、2018.7バージョン以前に実施されたすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
ドメイン分割における、関連するインタラクションの欠落を修正¶
ドメイン分解を実行する場合、ほとんど使用されない「[ intermolecular_interactions ]」セクションで記述されたすべての相互作用は無視されました。これにより、通常の非結合相互作用や分子内相互作用には影響がありませんでした。
最小化中に浮動小数点例外が発生する可能性を修正します。¶
非常に小さな力による最適化中に、ゼロ除算エラーが発生し、クラッシュする可能性がありました。この問題を修正するために、チェックを追加しました。
メモリ埋め込みを使用する際にセグメンテーション違反を修正¶
AWH（アーク・ワイヤー・ハニカム）が、プル・ジオメトリの「direction」パラメータを使用して周期的な形状を生成できるようにする。¶
AWHを、箱のサイズの95%を超える間隔を持つ「direction」ジオメトリのプル座標に適用する場合、寸法が周期的に設定されるようになりました。
gmx ツールに関する修正¶
選択における残差と分子のインデックスの修正¶
PQRの書式を修正¶
一部のPQRファイルを利用するツールにおいて、書式設定が正しくありませんでした。
修正：gmx whamにおける角度ジオメトリの問題¶
gmx wham が度とラジアンの単位を混同し、結果として重なりが起こったり、数値が生成されなくなったりすることがありました。注意: この修正は正しくありません。正しい修正は次のパッチリリースで適用されます。
「grompp」のエラーに関する、不正な改行に関する情報を追加する¶
グリッドが大きすぎの場合、意味のあるエラーメッセージを表示する¶
グリッドが大きすぎの場合：ref:hbond は、十分なメモリを割り当てるためにクラッシュを引き起こす可能性があります。
grompp でインクルード区切り文字を使用した構文エラーに関する情報を追加する¶
移植性に影響を与える修正¶
修正：より広範な参照SIMD設定¶
参照 SIMD ビルドでは、メモリの配置が小さすぎる場合があり、これにより mdrun が配置エラーで終了することがあります。
Apple Clang でのビルド失敗を修正¶
ビルドが失敗する原因は、qsortが定義されていないことがありました。