gmx gyrate¶

概要¶

gmx gyrate [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
           [-o [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>]
           [-tu <enum>] [-fgroup <selection>] [-xvg <enum>]
           [-[no]rmpbc] [-sf <file>] [-selrpos <enum>]
           [-seltype <enum>] [-sel <selection>] [-mode <enum>]

説明¶

gmx gyrate は、分子の回転半径と、x、y、および z 軸に対する回転半径を、時間とともに計算します。原子の質量は明示的に考慮されます。

各軸の成分は、各軸に直交する半径成分の、質量による平均二乗（RMS）に対応します。例えば：

Rg(x) = √( (∑ᵢ wᵢ (Rᵢ(y)² + Rᵢ(z)²) ) / (∑ᵢ wᵢ) )

ここで、w_i は、与えられた状況（質量、電荷、単位）における重量の値です。

注意: これは、GROMACS 2024で追加された新しい「gyrate」ユーティリティの実装です。もし古いバージョンが必要な場合は、「gmx gyrate-legacy」を使用してください。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション): 入力軌跡または単一構成: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション): 入力構造：tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): 追加のインデックスグループ

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (gyrate-taf.xvg): gyrate プロットの出力ファイル名

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレーム (ps) から読み込むトレース
-e (0): 読み込むトレースの最後のフレーム (ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt が最初に一致した場合のみ使用してください (ps)
-tu <enum> (ps): 単位: fs (ピコ秒), ps (ピコ秒), ns (ナノ秒), us (マイクロ秒), ms (ミリ秒), s (秒)
-fgroup <選択>: 軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）
-xvg (xmgrace): プロットの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-[no]rmpbc (はい): 各フレームで分子を全体として再構築する
-sf <ファイル>: ファイルからの選択肢を提供
-selrpos (属性): 選択基準の位置: 原子、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、dyn_mol_cog
-seltype <enum> (アトム): デフォルトの選択出力位置: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog
-sel <選択範囲>: 計算対象のグループを選択する
-mode <enum> (質量): アトムの重み付けモード: 質量、電荷、形状