パフォーマンス改善¶
不均一なシステムにおけるパフォーマンスの向上¶
多数の空き領域を持つシステムのパフォーマンスは、有効な原子密度に対するペア検索グリッドの最適化によって向上します。
柔軟な水素質量再分配の利用：GROMPPの使用¶
pdb2gmx を使用する代わりに、現在 grompp の mass-repartition-factor mdp オプションを通じて、水素の質量再分配のための柔軟なスキームを利用できます。これにより、ほぼ 2 倍のパフォーマンス向上が簡単に実現できます。
わずかなパフォーマンスの低下により、より正確な圧力を実現¶
Lennard-Jones ペア相互作用の影響を圧力に及ぼす程度を軽減するために、デフォルトのmdp設定を使用してほとんどのシミュレーションでVerletバッファが拡張されました。これにより、特にGPUを使用する場合、数パーセントのパフォーマンス低下が発生する可能性があります。この影響は、静電力が弱い、または存在しないシステム（特に粗い粒子のシステム）で最も顕著です。
アトムの種類が多いシステムでの grompp および mdrun の設定時間を短縮¶
Verlet バッファの計算は、数千種類の異なる Verlet バッファ原子タイプ（異なる原子タイプと電荷を持つ）を持つシステムでは、数分かかる可能性があります。このような時間が、現在は数秒に短縮されました。
壁電位を使用することで、結合相互作用をGPU上で実行できるようになりました。¶
HeFFTeのマルチGPU FFT計画オプションが設定可能になりました。¶
新しい環境変数 GMX_HEFFTE_RESHAPE_ALGORITHM、GMX_HEFFTE_USE_GPU_AWARE、GMX_HEFFTE_USE_PENCILS、および GMX_HEFFTE_USE_REORDER を使用することで、HeFFTe のプラン設定を実行時に変更できます。 取得できるパフォーマンスは、例えば GPU を意識した MPI ライブラリの実装の品質、および 3D-FFT に参加する GPU のレイアウトと数によって異なる場合があります。 ユーザーは、自分のケースに最適な設定を見つけて使用できます。 詳細については、HeFFTe のドキュメントを参照してください。