修正されたバグ¶
triclinic DDコードの型エラーを修正¶
オフダイアゴナル要素における異常な値が、少なすぎる原子数を伝達する問題を修正。
アトムの動きを可能にするために、ドメインのサイズが十分であることを確認する¶
ドメイン分割が、原子が追加のドメインをまたぐことがないように、ドメインが常に十分な大きさになるように保証するように変更されました。
Velocity Verlet の積分器は、正しいステップからエネルギーの平均値を生成します。¶
Velocity Verlet の積分器は、ステップが nstcalcenergy の倍数であった場合に、エネルギーファイルへの平均値を書き込む際に、エネルギーを蓄積していました。この問題は修正され、ステップが nstcalcenergy の倍数になるように変更されました。ただし、この変更により報告される平均値がわずかに変化しますが、以前の平均値は正確でした。
`pdb2gmx`における`chainsep`の動作を修正¶
gromppは、nstexpandedとnstcalcenergyを正しく比較する¶
「アンサンブルが拡張されているが、フリーエネルギー摂動は使用されていない場合、gromppはnstexpandedがnstcalcenergyの倍数であるかどうかを確認しませんでした。もしそうでない場合、結果が不正確になる可能性があります。」
do_dssp での問題と未知の残基¶
`do_dssp`ツールは、未知の残基に対してエラーが発生し、Windows環境でも問題が発生することがありました。