gmx saxs-legacy

概要

gmx saxs-legacy [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
             [-n [<.ndx>]] [-d [<.dat>]] [-sq [<.xvg>]] [-b <time>]
             [-e <time>] [-dt <time>] [-xvg <enum>] [-ng <int>]
             [-startq <real>] [-endq <real>] [-energy <real>]

説明

gmx saxs-legacy は、Cromerの方法に基づいて、指定されたインデックスグループに対してSAXS構造因子を計算します。トポロジーファイルと軌跡ファイルの両方が必要です。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)

軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)

構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション)

インデックスファイル

-d [<.dat>] (sfactor.dat) (オプション)

汎用データファイル

出力ファイルの指定オプション:

-sq [<.xvg>] (sq.xvg)

xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0)

最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)

-e <時間> (0)

読み込む最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。

-xvg (xmgrace)

xvgプロットのフォーマット: xmgrace, xmgr, なし

-ng <整数> (1)

計算するSAXSグループの数

-startq <実数値> (0)

開始 (1/nm)

-endq <実数> (60)

終了 q (1/nm)

-energy <real> (12)

入射X線のエネルギー (keV)