GROMACS 2025.1 のリリースノート¶
このバージョンは2025年3月11日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2025.0バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2024.5バージョンおよびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
ドメイン分割による「少なくとも1つのスレッドが必要」エラーを防止する¶
9個以上のランクでドメイン分解を実行すると、mdrunがアサーションエラーで終了する可能性があります。
密度フィッティングモジュールにおける、アフィン変換に対する強制補正を修正¶
力計算は変換時に正しく更新されていませんでした。影響を受けたのは、アイデンティティではない density-guided-simulation-transformation-matrix を使用したシミュレーションのみです。
修正：PME-PP がスレッドMPI との直接 GPU 通信¶
GROMACS 2024 を使用したスレッドMPI および GPU への直接 MPI 通信での実行において、クラッシュが発生する事例を観測しました。そのため、GROMACS 2025.0 では、PME-PP の座標および力転送における GPU への直接通信が無効化されました（GPU への直接通信がデフォルト設定となりました）。
元の問題は、複数のPPランクとPMEランクとの同期の欠如によって引き起こされ、23,000粒子以下のシステムのみに影響を与えました。このような場合、数百ステップのシミュレーション後にスレッド-MPIエラーでクラッシュし、物理的な誤りは発生しませんでした。そのため、このような小さなシステムではPP分解はメリットがなく、クラッシュが発生する可能性は低かったため、直接GPU通信がデフォルトになったまで、この問題は認識されていませんでした。この問題は現在修正されており、デフォルトで直接GPU通信が有効になっています。これにより、``GMX_ENABLE_DIRECT_GPU_COMM``を使用した場合、GROMACS 2024と同等またはわずかに優れたパフォーマンスが得られ、デフォルト設定で実行される|Gromacs| 2024よりも大幅に優れたパフォーマンスが得られます。
NVSHMEM が有効になっている mdrun の、通信パルス数が変動する場合のハング状態を修正¶
1つのPMEと複数のPPランクを伴うドメイン分割において、通信パルスの数が増減する場合に、ハングが発生することがあります。
ホスト側のバッファの固定を shell/flexcon および PME で CPU 上で修正¶
特定の状況下では、PMEをCPU（または使用しない）で実行し、GPUバッファ操作を使用した場合、|Gromacs|がクラッシュする可能性があります。
NNPotにおけるドメイン分割におけるセグメンテーションフォルトの修正¶
NNPotモジュールをドメイン分割で使用する場合、セグメンテーションフォルトが発生する可能性があります。
gmx ツールに関する修正¶
修正：要素間の任意の数のスペースを含むCMAPタイプの解析¶
CMAP型のパーサーは、連続する要素間に1つのスペースしかないことを前提としていましたが、一部のツールでは、書式設定時に余分な空白を追加することを好みます。現在、任意の数のスペースまたはタブを受け入れるようになりました。
移植性に影響を与える修正¶
muParserの処理を改善¶
「DGMX_USE_MUPARSER」を「EXTERNAL」または「NONE」に設定してビルドする場合、GROMACS 2025.0 のコンパイルに問題が発生する可能性があります。この問題は修正されました。
MSVC および CUDA でのビルドの問題を修正¶
Gromacs を MSVC + CUDA を使用して Windows でビルドできるようになりました (OpenMP はデフォルトで有効)。
SYCL と HeFFTe を使用したビルドの問題を修正¶
GROMACS 2025.0 は、不完全なリファクタリングにより、AdaptiveCpp と HeFFTe を使用してビルドすることができませんでした。この問題は修正されました。
Linux で MinGW GCC を使用して Windows でのクロスコンパイルを修正¶
GROMACS 2025.0 の Windows 用の MinGW GCC を使用した Linux でのクロスコンパイルは、欠落したヘッダーファイルと、Windows 固有のヘッダーファイルにおける Windows 固有のケースの区別により失敗する可能性があります。 現在、この問題は修正されています。
その他の項目¶
ARM SVEでコンパイルする際に、コンパイラからの警告を抑制する¶
ARM SVE 用の最新コンパイラでビルドする際に、いくつかの無害な警告を抑制します。
CMake で Plumed を使用してビルドする際に発生する問題を修正¶
コンパイル時にPlumedを有効にするには、CMakeを2回実行する必要がありました。この問題は修正され、CMakeはビルド時に1回のみ実行すれば済みます。
Neoverse-v2 の CPU ビルドにおいて、実行時に NEON よりも SVE を推奨しない¶
Neoverse-v2では、最もパフォーマンスの高いSIMD命令は、実行時の正確な構成に依存するため、このアーキテクチャで実行する場合は、ユーザーは現在、インストールガイドを参照するように指示されています。