gmx NMR¶
概要¶
gmx nmr [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-viol [<.xvg>]]
[-pairs [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]] [-ort [<.xvg>]]
[-oda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]] [-odt [<.xvg>]]
[-oten [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>] [-[no]w]
[-xvg <enum>] [-[no]dp] [-skip <int>] [-[no]aver]
[-[no]orinst] [-[no]ovec]
説明¶
gmx nmr は、エネルギーファイルから距離または方向の制約データを抽出します。 ユーザーは、必要な項目をインタラクティブに選択するように求められます。
-viol``オプションが設定されている場合、時間平均の違反値がプロットされ、実行時間の平均および瞬間的な違反値の合計が再計算されます。さらに、-pairs``オプションを使用すると、選択されたペア間の実行時間の平均および瞬間的な距離をプロットできます。
オプション -ora, -ort, -oda, -odr および -odt は、オリアンテーション制約データの解析に使用されます。最初の2つのオプションは、オリアンテーションをプロットし、最後の3つは、実験値からのオリアンテーションの偏差をプロットします。 'a' で終わるオプションは、制約に対する時間の平均をプロットします。 't' で終わるオプションは、制約ラベル番号をユーザーに入力させ、時間をプロットしたデータを表示します。オプション -odr は、制約に対するRMS偏差をプロットします。 実行時に時間またはアンサンブル平均されたオリアンテーション制約が使用された場合、オプション -orinst を使用して、時間とアンサンブル平均ではなく、瞬間のオリアンテーションと偏差を分析できます。
オプション -oten は、各分子の秩序テンソルの固有値を、方向制約実験ごとにプロットします。オプション -ovec を使用すると、固有値に加えて、固有ベクトルもプロットされます。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.edr>] (ener.edr)エネルギーファイル
-f2[<.edr>] (ener.edr) (オプション)エネルギーファイル
-s[<.tpr>] (topol.tpr) (オプション)ポータブル XDR 実行入力ファイル
出力ファイルの指定オプション:
-viol[<.xvg>] (violaver.xvg) (オプション)ファイル名: xvgr/xmgr
-pairs[<.xvg>] (pairs.xvg) (オプション)ファイル名: xvgr/xmgr
-ora[<.xvg>] (orienta.xvg) (オプション)ファイル名: xvgr/xmgr
-ort[<.xvg>] (orientt.xvg) (オプション)ファイル名: xvgr/xmgr
-oda[<.xvg>] (orideva.xvg) (オプション)ファイル名: xvgr/xmgr
-odr[<.xvg>] (oridevr.xvg) (オプション)ファイル名: xvgr/xmgr
-odt[<.xvg>] (または oridevt.xvg) (オプション)ファイル名: xvgr/xmgr
-oten[<.xvg>] (または oriten.xvg) (オプション)ファイル名: xvgr/xmgr
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e<時間> (0)最後に読み込むフレームの時間（デフォルト単位：ps）
-[no]w(no)-xvg(xmgrace)xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-[no]dp(無)高精度でエネルギーを表示する
-skip<整数> (0)Skip number of frames between data points
-[no]aver(無)また、エネルギーフレームに保存されている正確な平均値とRMSDも出力します（1つの項のみを要求した場合にのみ）。
-[no]orinst(無)瞬間的な方向データのアナウサ
-[no]ovec(無)また、``-oten``オプションを使用して、固有ベクトルもプロットします。