GROMACS 2023.1 リリースノート¶
このバージョンは2023年4月21日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の以前の2023バージョン以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2022.5およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
TPIと通常のモードの並列処理が再び機能¶
複数のMPIプロセスでTPIまたは通常のモード分析を実行すると、mdrunがアサーションエラーで終了します。
AWH指標は、自由エネルギーのλ次元に対して不正確な結果を示す可能性があります。¶
異なるラムダコンポーネントが同じラムダポイントインデックスに対して異なる値を持ち、その結果、AWHメトリックが dH/dlambda を入力として使用し、すべてのラムダコンポーネントに対する微分を使用しました。ただし、これはメトリックのみに影響を与え、サンプリングや自由エネルギーの値には影響しませんでした。
修正：拡張されたアンサンブルシミュレーションにおけるドメイン分割を用いたチェックポイントの機能¶
複数のPPプロセスを実行する場合、拡張されたアンサンブルシミュレーションは、チェックポイントから再開できるようになりました。
SYCLにおけるPMEパイプラインのサポートを修正¶
PMEパイプラインを使用していた場合、SYCLでは長距離のPME電場計算の結果が不正確でした。
以下の条件を満たす場合にのみ影響します
AWH摩擦メトリックのチェックポイント機能、1次元以上のサイズに対して修正。¶
摩擦メトリックのチェックポイントI/Oは、次元が1より大きい場合に誤っていました。これにより、AWH PMFやサンプリングには影響はありませんでしたが、AWHの摩擦テンソルを使用して高次元での拡散を計算する場合、意味のない結果になる可能性があります。
gmx ツールに関する修正¶
gmx solvate を PDB 形式の溶媒ボックスで使用する際に発生するクラッシュを修正¶
現在、PDBファイルは``gmx solvate``コマンドの``-cs``オプションに渡すことができます。以前のバージョン（少なくとも2016年以降）では、これによってクラッシュが発生することがありました。
別のインデックスファイルからインデックスファイルを作成する際の修正¶
gmx make_ndx は、関連する構造ファイルなしで、単独のインデックスファイルのみを入力として受け付けることができるようになりました。
「gmx energy」で、完全な名前でエネルギー項を選択できるようにする¶
現在、エネルギー用語を完全な名前で選択できるようになりました。特に、「1/粘度」や「2CosZ*Vel-X」のように数字で始まる用語は、以前は数字のみで確実に選択することができませんでしたが、これからは完全な名前で選択できます。
修正：gmx anaeig で発生する初期のクラッシュ¶
GROMACS 2023 の内部変更により、オプションのプログラム引数の不適切な処理が行われ、プログラムがクラッシュする原因となりました。これにより、他の分析ツールにも影響が出ている可能性があります。
移植性に影響を与える修正¶
GMX_USE_TNG=off のビルドを修正¶
GROMACS は、TNG サポートなしで再度ビルドできるようになりました。
``gmx``の起動時に異常終了が発生する問題を修正¶
GROMACS は、std::filesystem::equivalent を使用する際に、完全に堅牢な方法を採用していませんでした。これにより、ビルドディレクトリが存在しなくなった場合に、(特異な) libc++ 標準ライブラリにリンクされた gmx が実行を停止するようになりました。
MKL 2023.0 を使用した CPU FFT の修正¶
以前は、|Gromacs|が、oneMKL 2023.0でコンパイルされた場合に、CPU FFTの初期化時に失敗することがありました。この問題は修正されました。
雑多¶
SYCL 統合カーネルのパフォーマンスを向上させるための、奇妙なコンパイラの動作を修正するための回避策¶
一部のSYCLターゲット（特に、AMD GPU向けのhipSYCL（ROCm 5.xを使用）の場合）では、結合されたカーネルに対して非常に非効率なコードが生成されていました。現在、GPU上での結合された力計算は、最大3倍高速になることが期待されます。
OpenMPによるデータ取得ルーチンの再実装¶
内部コードの再構成中に、GROMACS 2023における強制計算のOpenMPアクセラレーションが誤って無効化されました。現在は修正されています。
新しいcuFFTMpインターフェースのサポートを追加¶
NVIDIA HPC SDK 23.3 の最新リリースで、cuFFTMp ライブラリへのインターフェースが変更されました。これは、NVIDIA Hopper GPU のサポートに必要なものです。このリリースでは、新しいインターフェースに対するデフォルトのサポートが追加され、既存のインターフェースへのサポートも維持されています。
MPI検出に失敗した場合の対処方法を記載する¶
MPIは、GROMACSをMPIライブラリをサポートせずにビルドする場合でも、gmxapiのオプション依存関係です。CMakeがMPIを検出するメカニズムは、破損したMPI環境で予期しない動作を引き起こす可能性があります。そのため、MPIを使用しない予定のユーザーのために、回避策がドキュメントに記載されています。