GROMACS 2020.5 リリースノート¶
このバージョンは2021年1月6日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2020.4バージョン以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2019.6バージョン以前に実施されたすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrun が誤った動作をする問題を修正¶
修正：mdrun がチェックポイントを行う前に、ゼロの dH/dlambda と外国の lambda エネルギーを書き込む¶
separate-dhdl-file=no および nstdhdl が nstenergy の倍数でない場合に、free-energy 実行で mdrun は、最後のエネルギーフレームとチェックポイントの間にあるステップのエネルギーファイルに、dH/dlambda および外国エネルギーについてゼロを書き込みます。これにより、free-energy の推定にエラーが生じ、そのエラーがいくつかのステップでしか検出されない可能性があります。
COMからのデータ取得と、重みまたは上位32位でのドメイン分解に関するバグを修正しました。¶
COMを用いたプル操作とドメイン分割を使用する場合、原子ごとの相対的な重みを使用したり、32を超えるDD MPIのランクを使用すると、結果が不正確になることがあります。これにより、通常、クラッシュが発生したり、明らかに誤った結果が生じたりします。
MTTKにおける消費エネルギーの最適化が完了¶
pcoupl=MTTK と tcoupl=nose-hoover を使用する場合、計算された保存エネルギーは、GROMACS 4.6 と 2018 年に遡る 2 つの誤りのために不正確でした。その結果、GROMACS 4.6 以降のすべてのバージョンで、この温度と圧力カップリングアルゴリズムの組み合わせを使用して報告された保存エネルギーは、おそらく誤っている可能性があります。ただし、これらのエラーはダイナミクスに影響を与えませんでした。これは、保存エネルギーは報告されるだけで、計算には使用されないためです。また、このバグは、この特定の温度/圧力カップリングアルゴリズムの組み合わせにのみ影響します。
ノーズ-フーバーで消費エネルギーを固定¶
tcoupl=nose-hoover と、非整数度の自由数を持つ1つ以上の温度グループを使用する場合、計算された保存エネルギーは、GROMACS 2018以降のバグにより不正確でした。 Nose-Hoover 温度結合と非整数度の自由数を使用した場合に報告された保存エネルギーは、GROMACS 2018以降からわずかにずれている可能性があります。 ただし、このエラーはダイナミクスに影響を与えません。なぜなら、保存エネルギーは単に報告されるだけで、計算には使用されないからです。 また、このエラーは、小さな温度グループや小さなシステムを使用する場合にのみ顕著になる可能性があります。
MTTKにおける運動エネルギーと温度の報告を修正しました。¶
`pcoupl=MTTK`と`tcoupl=nose-hoover`を使用する場合、報告された運動エネルギーと温度はわずかにずれていました。温度のカップリングの計算が、報告の半分だけ遅れていました。ただし、これらのエラーはダイナミクスに影響を与えませんでした。なぜなら、これらの量は正しく計算され、単に誤って報告されただけだからです。また、この差は非常に小さいため、厳密なアルゴリズム検証を除いて、ほとんどのアプリケーションでは無視できる程度です。最後に、このバグは、温度/圧力カップリングアルゴリズムのこの特定の組み合わせにのみ影響します。
修正：角度と立体角に関するプルエラーメッセージ¶
COM のプルコードは、角度とジヘドラルのジオメトリに関する「プル距離が長すぎる」というエラーで mdrun が終了した場合、誤ったプルグループインデックスを出力する可能性がある。
修正：拡張されたアンサンブルにおける数値の問題¶
シミュレーションされた温度調整や、ハミルトンの変更が大きすぎる場合に、十分にあり得ない状態へのモンテカルロ提案が過剰になり、ゼロ除算エラーが発生することがありました。この問題を修正するために、論理的な流れを数値的に強化し、そのような提案を拒否するように変更しました。
電気場強度の誤った値を修正¶
電気フィールドモジュールとドメイン分割を同時に使用した場合、フィールドのインデックスが現在のドメイン内の原子のみではなく、すべての原子に対して設定されているため、生成される電場が不正確になる可能性があります。
ドメイン間の重なり領域において、ペアリストのカットオフ距離の厚さを持つ領域では、電界が2倍（または2Dまたは3Dのドメイン分割の場合にはさらに大きい値）になる。
シミュレーションが問題の影響を受けているかどうかを確認するには、ユーザーはポアソン方程式を使用してシミュレーションボックス内の実際の電位を計算する必要があります。この電位が入力として提供されたものと一致する場合、シミュレーションには影響がありません。
gmx ツールに関する修正¶
gmx do_dssp で CHARMM のサポートを改善する¶
修正：gmx h2order -d オプションが機能しない問題を修正¶
gmx h2orderツールは、常にz軸に沿った方向を使用します。
プルグループのインデックス処理の修正¶
プルコードは、インデックスグループを正しく検証しないため、無限ループが発生したり、gromppのタイミングでアサーションがトリガーされたりする可能性があります。
移植性に影響を与える修正¶
OSXでのビルド修正¶
コードは、含まれていないヘッダーファイルのためコンパイルできませんでした。