GROMACS ツールへの改善

gmx order -calcdist のバグを修正

距離計算の基準位置が誤って計算されました。

grompp の使いやすさを向上させ、より多くの無効な .mdp 行を拒否するようにしました

このバージョンでは、以下の機能が追加されました

ref-t 298 = 0.1 =

現在は、説明的なメッセージとともにすべての入力が拒否されます。これにより、.mdp 入力の構築中に発生する可能性のあるエラーを防止するのに役立ちます。ただし、値が欠落している .mdp パラメータ名は引き続き受け入れられ、そのパラメータに対してデフォルトの動作が適用されます。

追加: convert-trj

新しいツール：<ref>`convert-trj` が追加され、ユーザーは gmx trjconv などの古いツールを使用せずに、異なる軌道形式間でデータを交換できるようになりました。サポートされている機能には、出力軌道の簡略化、および個々のフレームの粒子情報を構造ファイルからのデータで置き換えることが含まれます。この新しいツールは、コマンドラインでの選択をサポートしており、特定の原子を選択するために index ファイルを作成する必要がなくなりました。これは、trjconv ツールをより小さな部分に分割するという取り組みの一環です。

追加機能: extract-cluster

追加しました：異なるクラスタに対応する軌道フレームを抽出するための専用ツール。この新しいツール：ref:gmx cluster`から得られたクラスタに対応するフレームのみを含む新しい軌道を作成します。対応するオプション **-sub** が：ref:`gmx trjconv から削除されました。

変更された genion の動作

genionの機能が変更され、-rminよりも近い距離にある他の非溶媒原子とのイオンの交換を防ぐようになりました。この改善により、イオンがタンパク質のコアに配置される状況を防ぎ、これにより、折りたたまれたタンパク質の安定性が低下する可能性や、長時間の平衡化時間を必要とする状況を回避できます。