gmx チェック¶
概要¶
gmx check [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-s1 [<.tpr>]]
[-s2 [<.tpr>]] [-c [<.tpr/.gro/...>]] [-e [<.edr>]]
[-e2 [<.edr>]] [-n [<.ndx>]] [-m [<.tex>]] [-vdwfac <real>]
[-bonlo <real>] [-bonhi <real>] [-[no]rmsd] [-tol <real>]
[-abstol <real>] [-[no]ab] [-lastener <string>]
説明¶
gmx check は、軌道ファイル（.tng, .trr、または .xtc <xtc>）や、エネルギーファイル（:ref:.edr <edr>）やインデックスファイル（:ref:`.ndx <ndx>）を読み込み、それらに関する有用な情報を表示します。
オプション -c は、ファイル内に座標、速度、およびボックスの存在を確認します。これにより、以下の条件を満たす近接接触（-vdwfac より小さいものであり、かつ結合されていない、つまり -bonlo と -bonhi の間にないものであり、両方のヴァン・デル・ワールス半径の合計に対する相対的な値である）と、ボックスの外にある原子（これらは頻繁に発生し、問題ありません）を検出します。速度が存在する場合、それらから推定された温度が計算されます。
インデックスファイルが指定された場合、その内容は要約されます。
もし、軌道ファイルと`:ref:の.tpr <tpr>`ファイルが両方指定されている場合（-s1`オプションを使用）、プログラムは、.tpr`ファイルで定義された結合長が軌道ファイルで正しいかどうかを確認します。もしそうでない場合、例えば、分子の再配置や仮想サイトの問題などにより、ファイルが互換性がない可能性があります。これらのオプションを使用すると、`gmx check`は、このような問題を迅速に検出できます。
プログラムは、-s1 と -s2 の両方が指定されている場合に、2 つの実行入力ファイル（:ref:tpr）を比較できます。 実行入力ファイルをこの方法で比較する場合、デフォルトの相対許容度が 0.000001 に、絶対許容度が 0 に設定され、わずかなコンパイラ最適化の違いによる違いを見つけることができます。 ただし、オプションを使用して、任意の許容値を設定することも可能です。 同様に、2 つの軌道ファイル（-f2 オプションを使用）または 2 つのエネルギファイル（-e2 オプションを使用）を比較できます。
無償のエネルギーシミュレーションの場合、1回の実行入力ファイルから得られたAとBの状態のトポロジーを、オプション -s1 と -ab を使用して比較できます。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション)-f2[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション)-s1[<.tpr>] (top1.tpr) (オプション)ポータブル XDR 実行入力ファイル
-s2[<.tpr>] (top2.tpr) (オプション)ポータブル XDR 実行入力ファイル
-c[<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション)-e[<.edr>] (ener.edr) (オプション)エネルギーファイル
-e2[<.edr>] (ener2.edr) (オプション)エネルギーファイル
-n[<.ndx>] (index.ndx) (オプション)インデックスファイル
出力ファイルの指定オプション:
-m[<.tex>] (doc.tex) (オプション)LaTeX ファイル
Other options:
-vdwfac<実数> (0.8)VdW半径の合計の割合を使用する警告閾値
-bonlo<real> (0.4)最小の、結合原子のVdW半径の合計に対する割合
-bonhi<実数> (0.7)結合している原子のVdW半径の合計に対する最大割合
-[no]rmsd(無)RMSD の x、v、および f の値を表示
-tol<実数値> (0.001)相対許容値は、実値の比較に使用され、以下の式で定義されます: 2*(a-b)/(|a|+|b|)
-abstol<実数> (0.001)絶対誤差は、合計がほぼゼロの場合に役立ちます。
-[no]ab(無)ファイルからAとBのトポロジーを比較する
-lastener<文字列>最後に比較するエネルギー項（指定がない場合はすべて比較）。圧力まで比較していくのが妥当です。