gmx 最新版¶

概要¶

gmx current [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
            [-o [<.xvg>]] [-caf [<.xvg>]] [-dsp [<.xvg>]]
            [-md [<.xvg>]] [-mj [<.xvg>]] [-mc [<.xvg>]] [-b <time>]
            [-e <time>] [-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>]
            [-sh <int>] [-[no]nojump] [-eps <real>] [-bfit <real>]
            [-efit <real>] [-bvit <real>] [-evit <real>]
            [-temp <real>]

説明¶

gmx current は、現在の自己相関関数、システムの回転および翻訳的な二極矩の相関、およびそれから得られる静電定数を計算するためのツールです。妥当な結果を得るには、インデックスグループは中性である必要があります。さらに、このルーチンは、速度が与えられている場合、現在の自己相関関数から静電伝導率を抽出できます。また、静電伝導率を得るために、アインシュタイン-ヘルファンドの適合を使用することもできます。

フラグ -caf は現在の自己相関関数の出力に使用され、-mc は二重極モーメントの回転と翻訳の成分の相関を対応するファイルに書き込みます。ただし、このオプションは速度を含む軌跡でのみ使用できます。オプション -sh と -tr は自己相関関数の平均化と積分を担当します。平均化は軌跡全体を移動させることで行われるため、-sh を使用して開始点を変更することで、相関のない開始点を選択できます。後半に近づくにつれて、統計的な誤差が増加し、相関関数を積分しても、フレーム数によって信頼できる値が得られるのはある程度までです。オプション -tr は静電定数計算に使用される積分範囲を制御します。

オプション -temp は、静電定数の計算に必要な温度を設定します。

オプション -eps は、反応場または Ewald の和のダイポール補正を使用したシミュレーションにおいて、周囲の媒体の誘電定数を制御します（-eps = 0 は、錫箔境界条件に対応します）。

-[no]nojump を使用すると、座標が展開され、自由な拡散が可能になります。これは、連続的な翻訳型二極モーメントを求めるために必要であり、これはアインシュタイン-ヘルファンドの適合に必要です。この適合の結果から、電荷を持つ分子の系の誘電定数を決定できます。ただし、折り畳まれた座標における全二極モーメントの変動から、誘電定数を抽出することも可能です。ただし、このオプションを使用する場合は注意が必要です。なぜなら、分子の密度がほぼ一定であり、平均がすでに収束しているという近似が成立する時間範囲は非常に短いからです。安全のためには、誘電定数の翻訳部分については、アインシュタイン-ヘルファンドの方法を使用して計算することをお勧めします。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr): 構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (current.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-caf [<.xvg>] (caf.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル
-dsp [<.xvg>] (dsp.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-md [<.xvg>] (md.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-mj [<.xvg>] (mj.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-mc [<.xvg>] (mc.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e (0): 最後に読み込むフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt が初めてのケースでのみ使用してください（デフォルト単位：ps）。
-[no]w (no): 出力の表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-xvg (xmgrace): xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-sh <整数> (1000): 相関関数の平均化と平均二乗移動距離の計算に使用するフレームのオフセット。
-[no]nojump (はい): 箱内の原子間のジャンプを削除します。
-eps <実数> (0): 周囲の媒体の誘電率。この値が0であることは無限（錫箔境界条件）を意味します。
-bfit <実数値> (100): 開始：伝達モーメントのフラクションのMSD（平均二乗偏差）に対して、直線モデルを当てはめる。
-efit <実数値> (400): 直交座標系における二軸モーメントの伝達分における直交座標系への適合の終了。
-bvit <実数> (0.5): 開始：現在の自己相関関数のa*t^bへの適合。
-evit <実数値> (5): 現在の自己相関関数のa*t^bへの適合が完了しました。
-temp <実数値> (300): εを計算するための温度。