トポロジー¶
GROMACS は、さまざまなポテンシャル関数の貢献（詳細は：ref:ff`の章を参照）が、どの原子や原子の組み合わせで作用するかを知っている必要があります。また、さまざまな関数に適用する必要があるパラメータも知っている必要があります。これらはすべて、原子の定数属性をリストする *top* ファイル：ref:`top に記述されています。原子の種類は元素の数よりも多いですが、力場には生物学的システムに存在する原子の種類のみがパラメータ化されています。また、一部の金属、イオン、シリコンも含まれています。結合および特殊な相互作用は、固定されたリストによって決定され、これらは top ファイルに含められています。特定の非結合相互作用（最初のおよび2番目の近傍）は除外する必要があります。これは、結合相互作用で既に処理されているためです。さらに、原子には 動的属性 があります。これらは原子の位置、速度、および力を指します。これらは厳密には分子のトポロジーには含まれていませんが、座標ファイル：ref:`gro`（位置と速度）または軌道ファイル：ref:`trr`（位置、速度、力）に保存されています。
この章では、トポロジーファイルの、:ref:`top`ファイルの、およびデータベースファイルのセットアップについて説明します。具体的には、各パラメータの意味と、必要に応じてどのように変更するか、どこで変更するかについて説明します。まず、すべてのファイル形式について説明します。セクション :ref:`fffiles`では、各力場におけるファイルの構成について説明します。
注意: 独自のトポロジーを作成する場合は、ぜひ当社の webpage にあるトポロジーアーカイブにアップロードしてください。 始める前に、ご自身のトポロジーがそこに利用可能であると分かっていることは、どれほどありがたいことでしょう。 新しい力場や標準の力場の修正版についても同様です。 力場アーカイブに貢献してください！