gmx ダンプ¶

概要¶

gmx dump [-s <.tpr>] [-f <.xtc/.trr/...>] [-e <.edr>] [-cp <.cpt>]
         [-p <.top>] [-mtx <.mtx>] [-om <.mdp>] [-[no]nr]
         [-[no]param] [-[no]sys] [-[no]orgir]

説明¶

gmx dump は、実行ファイル（.tpr）、軌道ファイル（.trr/:ref:.xtc <xtc>`/tng）、エネルギーファイル（.edr）、チェックポイントファイル（.cpt）またはトポロジーファイル（.top）を読み込み、それらを読みやすい形式で標準出力に出力します。このプログラムは、実行ファイルに問題がある場合に、その内容を確認するために不可欠です。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-s <.tpr> (オプション): 入力ファイルをダンプするために実行する
-f (オプション): ダンプする軌跡ファイル: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-e (オプション): エネルギーファイルをダンプする
-cp <.cpt> (オプション): ダンプ用のチェックポイントファイル
-p <.top> (オプション): ダンプするトポロジーファイル
-mtx <.mtx> (オプション): ヘッシアン行列のダンプ

出力ファイルの指定オプション:

-om <.mdp> (オプション): grompp の入力ファイル（実行時の入力ファイルから生成）

Other options:

-[no]nr (はい): 出力にインデックス番号を表示する（これにより比較が容易になりますが、無用なトポロジーが作成されます）
-[no]param (無): 各結合相互作用のパラメータを表示します（ダンプを比較する場合、このオプションと-nonrを組み合わせて使用すると便利です）。
-[no]sys (無): 各分子タイプではなく、システム全体の原子と結合相互作用をリストする
-[no]orgir (無): 現在のバージョンが読み取る方法ではなく、ファイルを作成したバージョンで記述された入力パラメータを表示する

既知の問題¶

:ref:.mdp <mdp>`ファイルは、``-om``オプションで生成されたものであり、gromppで読み取ることができません。