gmx rmsf¶
概要¶
gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-ox [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-dir [<.log>]] [-b <time>]
[-e <time>] [-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>] [-[no]res]
[-[no]aniso] [-[no]fit]
説明¶
gmx rmsf は、軌跡（-f で指定）内の原子の位置の二乗平均平方偏差（RMSF、つまり標準偏差）を計算します。この計算は、オプションで参照フレーム（-s で指定）に適合させた後に行われます。
オプション -oq を使用すると、RMSF 値が B-因子値に変換され、これらは .pdb ファイルに書き込まれます。 既定では、この出力ファイル内の座標は、オプション -s で提供された構造ファイルから取得されますが、オプション -q で提供された別の .pdb ファイルから読み取った座標を使用することも可能です。 非常に少ないエラーチェックのみが行われるため、この場合、構造ファイルと .pdb ファイル内のすべての原子が正確に一致していることを確認する必要があります。
オプション -ox は、平均座標を含むB因子をファイルに書き出します。
オプション -od を使用すると、基準構造に対する平均二乗偏差が計算されます。
オプション -aniso を使用すると、gmx rmsf は異方性温度因子を計算し、その後、平均座標と、ANISOU レコードを含む .pdb ファイルを出力します（これは -oq または -ox オプションに対応します）。ただし、U 値は方向依存であるため、実験データとの比較を行う前に、実験座標に適合していることを確認する必要があります。
プログラムに .pdb 入力ファイルが渡され、``-aniso``フラグが設定されている場合、Uijの相関プロットが作成されます。ただし、:ref:`.pdb <pdb>`ファイルに、いずれかの異方性温度因子が存在する場合に限ります。
オプション -dir を使用すると、3x3 の MSF (平均構造ファクター) 行列が対角化されます。これにより、原子が最も大きく、最も小さい方向に変動する方向が表示されます。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)-s[<.tpr/.gro/...>] (topo.tpr)-n[<.ndx>] (index.ndx) (オプション)インデックスファイル
-q[<.pdb>] (eiwit.pdb) (オプション)タンパク質データベースファイル
出力ファイルの指定オプション:
-oq[<.pdb>] (bfac.pdb) (オプション)タンパク質データベースファイル
-ox[<.pdb>] (xaver.pdb) (オプション)タンパク質データベースファイル
-o[<.xvg>] (rmsf.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-od[<.xvg>] (rmsdev.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-oc[<.xvg>] (correl.xvg) (オプション)xvgr/xmgr ファイル
-dir[<.log>] (rmsf.log) (オプション)ログファイル
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e<時間> (0)最後に読み込むトレースファイルのフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt が初めての時のみ使用してください (デフォルト単位: ps)。
-[no]w(no)-xvg(xmgrace)xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-[no]res(無)各残基の平均値を計算する
-[no]aniso(無)異方性温度因子を計算する
-[no]fit(はい)RMSFを計算する前に、最小二乗重ね合わせを実行してください。これを実行しない場合、参照構造と軌跡が一致していることを確認する必要があります。