gmx sorient¶
概要¶
gmx sorient [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-no [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]]
[-co [<.xvg>]] [-rc [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
[-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>] [-[no]com] [-[no]v23]
[-rmin <real>] [-rmax <real>] [-cbin <real>]
[-rbin <real>] [-[no]pbc]
説明¶
gmx sorient は、溶媒分子の周囲における溶媒の向きを解析します。これは、1つまたは複数の基準位置から各溶媒分子の最初の原子へのベクトル間の2つの角度を計算します。
theta_1: 最初の溶媒分子の原子から、原子2と3の中間点の間のベクトルとの角度。
theta_2: 溶媒平面の法線との角度、これは同じ3つの原子によって定義されます。または、`-v23`オプションが設定されている場合は、原子2と3の間のベクトルとの角度です。
参照は、原子の集合または原子の集合の中央質量に対応します。溶媒原子のグループは、溶媒分子あたり3つの原子で構成される必要があります。「-o」および「-no」それぞれについて、フレームごとに「-rmin」と「-rmax」の間の溶媒分子のみが考慮されます。
-o: rmin <= r <= rmax の範囲における cos(theta_1) の分布。
-no: rmin<=r<=rmaxにおけるcos(theta_2)の分布。
-ro: <cos(theta_1)> と <3cos^2(theta_2)-1> を距離の関数として表現。
-co: cos(theta_1) と 3cos(^2(theta_2)-1) の距離 r 以内のすべての溶媒分子の和を r の関数として表します。
-rc: 溶媒分子の濃度をrの関数として表現
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)-s[<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)-n[<.ndx>] (index.ndx) (オプション)インデックスファイル
出力ファイルの指定オプション:
-o[<.xvg>] (sorient.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-no[<.xvg>] (snor.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-ro[<.xvg>] (sord.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-co[<.xvg>] (scum.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-rc[<.xvg>] (scount.xvg)xvgr/xmgr ファイル
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレームを読み込む開始時間（デフォルト単位：ps）
-e<時間> (0)読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt が初めてのケースでのみ使用してください（デフォルト単位：ps）。
-[no]w(いいえ)-xvg(xmgrace)xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-[no]com(無)中心質量を基準位置として使用する
-[no]v23(無)アトム2と3の間のベクトルを使用する
-rmin<実数> (0)最小距離 (nm)
-rmax<実数> (0.5)最大距離（ナノメートル）
-cbin<実数> (0.02)コサイン関数の幅
-rbin<real> (0.02)幅 (nm) の r 用
-[no]pbc(無)中心の質量の計算については、PBCを確認してください。これは、参照グループが複数の分子で構成されている場合にのみ必要です。