GROMACS 2020.1 リリースノート¶
このバージョンは2020年3月3日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の以前の2020バージョン以降に変更された内容を記録し、既知の問題を修正することを目的としています。また、2019.6およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
修正：mdrun -multidir を使用して、シミュレーションごとに 1 つ以上のランクを指定した場合に発生する致命的なエラー¶
複数のランクと別々のPMEランクでmdrunが実行する際に発生するロックの死んだ状態を修正¶
複数のPPランクと個別のPMEランクが使用される場合、mdrunはPP-PMEのバランス調整を開始する前にロックアップする可能性があります。
シェルで実行し、GPU上で更新する際に、mdrun のアサーションエラーを回避する¶
シェルとの互換性を確認する機能が、`mdrun`タスク割り当てコードに追加されました。これにより、GPU上でシェルを使用して実行しようとした場合、`mdrun`はCPUを使用するか、明確なエラーメッセージを表示します。
大規模な素因数を持つMPIランクのカウントを許可する¶
グリッドがユーザーによって指定された場合でも、MPIのランク数が大きな素数の場合に、ドメイン分割が正常に動作しない。
実際に、FE法でPME力を修正し、q/LJの摂動なしで計算する¶
PMEは、電荷やLJ原子タイプが実際に変化していない場合に、摂動された原子のメッシュ上の力を誤って無視します。ただし、これは非常にまれな状況です。
DDとの連携が欠けている場合に、ロック状態（デッドロック）が発生するのを避ける¶
ドメイン分割後に、結合された相互作用が欠落していることが検出された場合、mdrunはエラーで終了する代わりに、停止状態になることがありました。
修正：Parrinello-Rahmanとmd-vvを使用してチェックポイントを再起動する¶
Parrinello-Rahman および md-vv を使用したチェックポイントは、新しいモジュール式シミュレーションアプローチでのみ実装されているため、読み取ることができませんでした。
プログラムの強制終了を避けるために、方向に関する制約を考慮する¶
mdrunが複数の分子に対して方向制約を確認する際に、制約が適用されていなくても、終了してしまう可能性があります。
シミュレーション間で状態を共有する場合、異なるステップで mdrun -multidir が開始された場合に、致命的なエラーを発生させる¶
(シミュレーション間で状態データを共有する場合、例えば、レプリカ交換、AWH（バイアス共有）またはNMRアンサンブル平均化を行う際に) mdrun -multidir を再起動する際、異なる初期ステップを使用した場合、警告メッセージが表示されるだけでしたが、これによりシミュレーションが同期を失う可能性があります。 現在、このような状況では致命的なエラーが発生します。
モジュールシミュレーターを使用して、DDなしで歪んだ箱を修正する¶
DDを使用せずにモジュール式シミュレーターを使用した場合、圧力制御時に箱が過度に傾かないかどうかが確認されていませんでした。
NMR制約をモジュール式シミュレーターを使用して修正¶
モジュール式シミュレーターでNMR制約（距離または方向制約）を使用すると、期待どおりに動作しませんでした。すべての方向制約シミュレーションは、タイムアベレージを使用した距離制約シミュレーションを含む、セグメンテーションエラーで失敗しました。他のすべての距離制約シミュレーションは正常に動作しましたが、エネルギー軌跡への出力は、一般的なエネルギー書き込みステップと一致する場合にのみ発生しました。
分散補正を使用する際に、整数オーバーフローを避ける¶
整数型のインデックスを格納する方式に変更されたため、値がオーバーフローして負の値になる可能性があり、これにより誤った検索結果や物理的にありえない値が生じるようになりました。
Intel GPUでのペアリストバッファのサイズが小さすぎる問題を修正¶
Intel GPU 用に生成されたペアリストバッファは、4x4 のアトム・クラスタ・ペアカーネルを想定していたため、わずかに小さすぎました。
シミュレーション間でデータを共有する際に、チェックポイントファイルが同期しなくなる問題を修正¶
シミュレーション間でデータを共有する場合（例：レプリカ交換、AWHによるバイアス共有、NMRアンサンブル平均）、MPIバリアが追加され、チェックポイントファイルの名前を変更する前に、シミュレーションからのチェックポイントファイルが同期しなくなるのを防ぎます。非常にまれなケースでは、チェックポイントファイルに一時的な名前が残る可能性がありますが、すべての内容は同期されます。
グラフとモジュールベースのシミュレーションを使用したシミュレーションの修正¶
モジュール式シミュレータとグラフオブジェクトを使用したシミュレーションで、セグメンテーション違反が発生することがありました。
固定された原子との中心質量運動の除去を修正¶
凍結された原子が中心質量移動除去グループの一部である場合、それらは依然としてそのグループの質量に寄与します。これにより、中心質量速度補正が（わずかに）小さすぎることがありました。現在、完全に凍結された原子は、gromppによって中心質量除去グループから完全に削除されます。原子が1つまたは2つの次元で凍結され、かつ中心質量除去グループの一部である場合、gromppは警告を発します。
システムの一部で重心移動を考慮しない場合の温度計算の修正¶
まれなケースですが、システムの一部に対してのみ質量中心の動きを削除した場合、COMMの削除が行われていない部分の自由度の数は、誤って3減少します。
未定義のNBカーネルタイプを選択する際の潜在的な問題を修正¶
NBカーネルのCPU参照実装には、特定のカーネルタイプに対する定義が不足していました。これは、SIMDが明示的に無効になっている場合にのみ影響します。これは、本番環境ではほとんど発生しないことです。
gmx ツールに関する修正¶
移植性に影響を与える修正¶
ICC NextGen のサポートを追加¶
LLVM技術に基づいたIntelコンパイラをサポートを追加します。このコンパイラを使用して|Gromacs|をコンパイルするには、次のコマンドを使用します: CXX=icpc CXXFLAGS=-qnextgen cmake.
OpenCL に関する Volta および Turing で既知の問題を文書化する¶
その他の機能¶
リリース tarball 内の変更されたソースファイルのチェックを修正¶
ソースツリーへの変更が、ビルドディレクトリが生成された後に発生した場合、変更が反映されない可能性があります。