GROMACS 2022.4 リリースノート¶

このバージョンは2022年11月16日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2022.3バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正するために作成されています。また、2021.6バージョンおよびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。

mdrun が誤った動作をする問題を修正¶

GPUでの1〜4回の処理における、不適切な外国エネルギーの差¶

GPU を使用してドメイン分割を行わない場合に、フリーエネルギー計算を実行する場合、1〜4 の相互作用に関わる原子の電荷がわずかに変化しているだけで、原子の種類が変更されていない場合、異種エネルギーの差が不正確になる可能性があります。この問題は、couple-moltype を使用したフリーエネルギー計算には影響しませんでした。また、dV/dlambda の計算にも影響はありません。もし、あなたが、原子の電荷を手動で調整したトポロジーと、原子の種類が変更されていない状態で BAR または AWH を使用してフリーエネルギー計算を実行した場合、修正されたコードで再度実行し、結果がこの問題の影響を受けていないか確認することをお勧めします。

「deform」オプションを使用すると、mdrunが並行して終了することがありました。¶

deform の mdp オプションを使用した場合、mdrun は複数の MPI ランクで実行されると、MPI エラーで終了します。

平均出力でプルを実行すると、チェックポイントの書き込み中にmdrunが終了する¶

pull_fout_average を yes に設定した場合、gmx mdrun はチェックポイントファイルの書き込み時にアサーションエラーで終了します。

AMD RDNA デバイスは、OpenCL を使用して正しく「サポート対象外」としてマークされています。¶

AMD RDNA GPU (Radeon RX 5000、6000、および 7000 シリーズ) は、通常、OpenCL との連携で問題が発生し、シミュレーションがすぐにクラッシュしていました。現在、これらのデバイスを正式に非互換としてマークしています。

AMD GCN (例: RX Vega 64) および CDNA/CDNA2 (例: Instinct MI100) などのデバイスがサポートされています。

`gmx` ツールに関する修正¶

大規模なシステムに対応する tpr ファイルを読み取るプログラムは、ランダムなエラーで終了することがあります。¶

TPRファイルの書き込みおよび読み込みのコードにバグがあり、1億を超える原子を持つシステムを読み込む際に、ランダムなエラーメッセージで終了することがありました。

柔軟な制約を持つ grompp と mdrun が、アサーションエラーで終了しました。¶

gmx awh の摩擦メトリックの凡例を修正¶

摩擦メトリックの出力（gmx awh -more）は、メトリックの平方根であり、以前は凡例に「sqrt」が含まれていませんでした。これは修正されました。ただし、gmx awh -fric の出力は、正しく、平方根を含みません。

移植性に影響を与える修正¶

その他の機能¶

nvccを使用した引数の検証を修正¶

nvcc に渡されたフラグの不適切な構成時のチェックにより、いくつかのパフォーマンスに関連するフラグが使用されませんでした。Nvidia GPU を使用したシミュレーションは正確でしたが、最高のパフォーマンスを達成できない可能性があります。

新しいCUDAアーキテクチャ用のコンパイルサポートを追加¶

NVIDIA CUDA アーキテクチャの一覧（CMake のデフォルト構成でコードが直接生成され、使用されているコンパイラでサポートされている場合に適用されるもの）が更新され、最新の Ada Lovelace および Hopper アーキテクチャが含まれるようになりました。