主なポイン

GROMACS 2020年1月1日にGromacsがリリースされました。それ以降にパッチリリースが行われた可能性がありますので、最新版をご利用ください。以下に、期待できる主な機能と、詳細については以下のリンクをご参照ください！

もちろん、今回も、GPUを使用する場合としない場合の両方で、いくつかの便利なパフォーマンス改善が、デフォルトで有効化され、自動化されています。さらに、シミュレーションの実行に役立つ、いくつかの新機能が利用可能です。新機能が、お客様のシミュレーションとハードウェアでどのように動作するかについて、ぜひフィードバックをお寄せください。新機能は以下のとおりです。

• 密度に基づいたシミュレーションにより、「原子」を3次元の密度マップに「適合」させることができます。

• gmxapi 0.1 の導入、これは複雑なシミュレーション、データフロー、およびプラグ可能な分子動力学拡張コードの管理のための API およびユーザーインターフェースです。

• 新しいモジュール式シミュレータで、シミュレーションの各ステップで発生する異なる計算を記述する個別のオブジェクトから構築できます。

• Parrinello-Rahman の圧力を結合する機能が、md-vv インテグレーターでも利用できるようになりました。

• サポートされているシミュレーションの種類（座標更新や制約計算を含む）に対して、ほぼシミュレーション全体のステップを単一のCUDA互換GPUで実行します。