gmx genconf¶

概要¶

gmx genconf [-f [<.gro/.g96/...>]] [-trj [<.xtc/.trr/...>]]
            [-o [<.gro/.g96/...>]] [-nbox <vector>] [-dist <vector>]
            [-seed <int>] [-[no]rot] [-maxrot <vector>]
            [-[no]renumber]

説明¶

gmx genconf は、座標ファイルを単純に重ねて配置することで、まるで小さな子供が木製のブロックで遊んでいるかのように、座標を複製します。このプログラムは、ユーザーが定義する 比例を持つグリッド（-nbox オプション）を作成し、グリッドの点を -dist オプションでさらに間隔を空けます。

-rot オプションを使用する場合、プログラムはグリッド上の分子間の重なりをチェックしません。入力ファイル内のボックスのサイズは、座標とヴァン・デル・ワールス半径を考慮して、少なくとも十分な大きさにする必要があります。

もしオプションの軌道ファイルが指定されている場合、構造は生成されず、代わりにこのファイルから読み取り、適切な形式に変換してグリッドを構築します。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro): ファイル構造: gro g96 pdb brk ent esp tpr
-trj [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.gro/.g96/...>] (出力ファイル名): 構造ファイル: gro g96 pdb brk ent esp

Other options:

-nbox <ベクトル> (1 1 1): 箱の数
-dist <vector> (0 0 0): ボックス間の距離
-seed <整数> (0): ランダム生成器のシード (0 は生成することを意味します)
-[no]rot (無): ランダムに構造を回転
-maxrot <ベクトル> (180 180 180): 最大乱数回転
-[no]renumber (はい): 残りのアミノ酸配列を再番号付けする

既知の問題¶

プログラムは、格子点のランダムな移動を可能にする必要があります。