非推奨機能¶
GROMACS 2019 の機能に関する予想される変更¶
gmx mdrun -membed¶
タンパク質を膜内に埋め込む機能は維持されますが、おそらく別の形式で提供されます（例：gmx membed）。
gmx mdrun -rerun¶
この機能（軌跡からポテンシャルエネルギーの量を計算する機能）は維持されますが、おそらく別の形式で提供されます。例えば、gmx rerun や gmx test-particle-insertion など。
integrator.mdp のオプションは、動的な積分器のみを含む。¶
エネルギー最小化は、例えば gmx minimize を使用して、どの最小化アルゴリズムを使用するかを指定する .mdp ファイルを解釈することで、別の方法でアクセスできるようになります。 通常モード解析は、例えば gmx normal-modes を使用してアクセスできます。 これらのツールに対するコマンドラインヘルプは、サポートされている機能がより明確に文書化できるようになります。
trjconv、editconf、``eneconv``および``trjcat``の多くの機能が廃止されました。¶
これらのツールの機能は、よりモジュール化された形で利用できるように分離されています。これにより、よりシンプルなツールとして、そして最終的には開発中の GROMACS APIを通じて利用できるようになります。
gmx do_dssp の代替¶
このツールは、一部のユーザーが個別のDSSPバイナリを入手およびインストールすることが困難であるため、将来的にxsspをベースとしたネイティブな実装に置き換える計画です。これにより、新しいgmxツールの名前で提供されるようになります。
2019年の|Gromacs|で非推奨となった機能¶
標準的なアミノ酸残基中の芳香環を仮想的なサイトで置き換える機能の生成¶
Issue 3254 これらの関数は、特定の状況下で予期しない結果を生み出す可能性がある（未発表の結果）、十分にテストされておらず、広く使用されていないため、pdb2gmxを簡素化する必要があります。
gmx mdrun -gcom¶
この機能は、さまざまな .mdp 設定の効果を、理解しにくく、報告することが難しい方法で上書きすることがあります。PP ランク間の通信を行うユーザーは、nst* mdp オプションを適切に選択して、通信の頻度を減らすことを推奨します。
ベンチマークオプションは、``gmx benchmark``のみで利用可能です。¶
Issue 3255 オプション（-confout、-resethway、-resetstep`など）は、通常の `mdrun ユーザーが使用することを意図していないため、専用のツールでのみ利用できるようにすることで、より明確になります。これにより、特定の mdrun およびベンチマークの使用ケースに合わせて、シミュレーションパートのファイルの書き込みなどのデフォルト設定をカスタマイズできるようになり、-confout は不要になります。
gmx mdrun -nsteps¶
Issue 3256 .tprファイルで記述されたシミュレーションステップ数は、``gmx convert-tpr``コマンドを使用して変更できます。また、``gmx grompp``の呼び出し前に、.mdpファイルで変更することも可能です。しかし、このmdrunオプションの利便性は、その実装の信頼性の低さ、ログファイルへの明確な記録の欠如、およびメンテナンス不足によって相殺されています。
機能は|Gromacs| 2019年以前に非推奨¶
この機能は、|Gromacs|の以前のバージョンで非推奨とされていますが、まだ削除されていません。
グループカットオフ方式¶
グループカットオフスキームの残りのすべての側面は、いくつかの残りの機能（たとえば、表形式の相互作用、エネルギーグループの除外、および真空シミュレーション）が Verlet スキームで利用可能になった時点で削除されます。Gromacs 5.1 で非推奨。
QM/MM のサポート (ORCA、GAMESS、MOPAC 用)¶
これらのインターフェースはテストされておらず、担当者が割り当てられていません。2018年の|Gromacs|で非推奨となりました。